«Эта атака не была такой хорошо скоординированной и решительной, как первая. Первая волна из 6 самолетов атаковала с кормы и с обеих раковин. Стрельба велась непрерывно, хотя цели по левому борту было трудно видеть из-за дыма от пожара в ангаре. Только 2 бомбы упали рядом с кораблем. Еще 3 самолета атаковали с правого борта примерно через минуту после первой волны. Последний самолет этой группы действовал очень решительно и добился близкого разрыва напротив трубы. Остальные 6 самолетов отошли на северо-восток на большой высоте. Два из них попытались атаковать с левого борта сквозь разрыв в тучах, но были обстреляны и отвалили, не сбросив бомб. Всего было сброшено 9 бомб, одна попала в кормовой лифт (седьмое попадание в общей сложности), вызвав потери среди тех, кто тушил пожары и оказывал помощь раненым. Две бомбы разорвались рядом с кораблем. Та, что взорвалась по правому борту, вызвала новые повреждения кормовой части и убила часть раненых, собранных на квартердеке».
В 18.08 «Илластриес» подошел к входу на протраленный фарватер, ведущий в гавань Ла-Валетты. По пути он подвергся атаке горизонтальных бомбардировщиков. Это произошло на закате. В 19.22 два SM-79 попытались атаковать его торпедами, используя темноту, но успеха не имели. В 22.15 поврежденный авианосец подошел к пирсу Парлаторио, но на этом его страдания не закончились.
Темнота лишила «Штуки» законной добычи, однако на следующий день они вернулись. Самолеты прочесали район к востоку от Мальты, полагая, что авианосец попытается добраться до Египта под прикрытием темноты. Не обнаружив «Илластриес», майор Эннекерус атаковал крейсера, которые сопровождали его на Мальту. Теперь «Глостер» и «Саутгемптон» в сопровождении эсминцев «Дифендер» и «Дайамонд» на большой скорости следовали на восток. По неизвестной причине командиры кораблей решили, что находятся в полной безопасности, за пределами досягаемости «Штук». Ни один из крейсеров не имел радара, поэтому появление немецких самолетов оказалось для них совершенно неожиданным. Не-111 навел Эннекеруса и 12 его Ju-87 прямо на английскую эскадру. Еще год назад Ju-87R, имевшие увеличенный радиус действия, появились во время Норвежской кампании. Более того, «Саутгемптон» имел схватку с ними, поэтому такая беспечность просто необъяснима. В любом случае, 12 «Штук» спикировали со стороны солнца, захватив эскадру врасплох. Самолеты разделились, чтобы атаковать оба крейсера. «Глостер» получил попадание 500-кг бомбы, которая попала в КДП и разрушила мостик, убив 9 человек и ранив 14. Бомба не взорвалась, иначе потери были бы гораздо выше.
«Саутгемптону» повезло меньше. В этот корабль попали две бомбы. Одна из них взорвалась в кают-компании, вторая попала в кубрик унтер-офицеров. Там было полно людей, сменившихся с вахты. Они отдыхали, потому что корабли находились «в безопасности». Потери в личном составе оказались ужасающими. Начавшиеся пожары захватили машинное отделение и вскоре вышли из-под контроля. В 16.05 крейсер потерял ход и остановился, весь охваченный пламенем. Позднее его пришлось затопить. «Саутгемптон» временно стал самым крупным кораблем, потопленным одними самолетами. Его гибель вызвала большой переполох, потому что крейсер был современным кораблем, вооруженным многочисленными зенитками, и был спроектирован так, чтобы выдерживать попадания 203-мм снарядов. Пикировщики не понесли никаких потерь.
После того как поврежденный авианосец был обнаружен на верфи Мальты, где его спешно ремонтировали, «Штуки» немедленно вернулись. Немцы были полны решимости потопить его раз и навсегда. Они едва не преуспели, но удача не покидала «Илластриес» до конца. Массированные налеты бомбардировщиков X авиакорпуса причинили большие разрушения в районе доков, пострадали соседние аэродромы. Однако здесь немцы столкнулись с сопротивлением в воздухе, и сами понесли серьезные потери.