Однако сам Никон придал унификации церковных обрядов русской и греческой церквей еще и свой затаенный от царя смысл. С середины XVI в. русская церковная организация пребывала фактически под полной властью царя, который волен был и ставить угодных себе митрополитов (с 1589 г. патриархов), и смещать неугодных. Никон увидел в сближении русской церкви со Вселенской православной церковью возможность укрепиться церковной власти в России и стать в конечном итоге в самостоятельное, независимое от власти царской положение. Он понял, что до тех пор, пока пределы власти церкви будут совпадать с границами государства, церковь будет неизбежно пребывать в подчинении государственной власти, поскольку две самостоятельные власти не могут существовать в одних и тех же территориальных рамках. Таким образом, и патриархом Никоном при проведении церковной реформы преследовались политические цели. Правда, цели, во многом противоположные царским. В этом противоречии таилась предпосылка будущего разрыва Никона с царем Алексеем Михайловичем.
И этот разрыв произошел в конце 50-х гг. XVII в. Результатом его стало демонстративное оставление Никоном патриаршего престола в 1658 г. Церковный собор 1666—1667 гг., подтвердив правильность реформы обрядов, проведенной Никоном, лишил его архиерейского сана и священства. "...Да вменяется и именуется он отныне простым монахом Никоном, а не патриархом Московским", — гласил приговор Собора. Приговором было определено назначить ему местопребывание до конца его жизни "в какой-либо древней обители, чтобы он там мог в совершенном безмолвии оплакивать грехи свои". Умер Никон в 1681 г.
Главное сочинение Никона, в котором выражены его политические и правовые взгляды, было написано им в монастырском уединении после его низвержения с патриаршего престола. Оттого оно и выделяется откровенностью суждений и резкостью формулировок. В рукописи сочинение Никона составляет 900 листов. Его полное название отражает его полемический характер: "Возраженiя или раззоренiя смиреннаго Никона, Божiею милостiю пaтрiapxa, противо вопросов боярина С. Стрѣшнева, еже написа Газскому митрополиту Паисiю Лигаридiусу и на отвѣты Паисеовы".
Боярин Стрешнев был открытым противником взглядов Никона на соотношение церкви и государства. В 1666 г. боярин вел допрос Никона, на котором задал ему в письменной форме 30 вопросов. На них и отвечал Никон своим произведением.
Главная тема данного сочинения — соотношение церкви и государства. Никон исходит прежде всего из того, что "священство" и "царство" представляют собой две самостоятельные власти в обществе, каждая из которых исполняет свою функцию. "Царь здѣшним ввѣрен есть, а аз небесным. Царь телѣсным ввѣряем есть, iepeй же — душам. Царь долги имѣнiям оставляет, священник же долги согрѣшенiям. Он принуждает, а сей и утѣшает. Он — нужею, сей же совѣтом. Он оружiя чувствена имать, а сей — духовная. Он брань имать к супостатам, сей же к началом и миродержателем тьмы вѣка сего".
В соответствии с этим своим воззрением Никон отвергал теорию "Москва — Третий Рим", т.е. учение о "православном Ромейском царстве", согласно которому носителем истинного христианского идеала становилось Московское государство. "Ты говоришь, что римская слава и честь перешла на Москву: откуда ты это взялѣ", — писал Никон в послании ("Возражениях") боярину Стрешневу. Русский царь в концепции "Москва — Третий Рим" представал в качестве единственного хранителя православной христианской церкви. Никон справедливо усмотрел здесь возвышение царской власти над церковной.
Из этих различий между церковью и государством Никон делает вывод о превосходстве церкви над государством. "И сего ради: священство царства преболѣ есть". Он считал, что церковь перестает быть церковью; если подпадает под государственную власть: Идеже церковь под мiрскую власть снидет, несть церковь, но дом человеческий и вертеп разбойников".
Превосходство церкви над государством коренится, в понимании Никона, прежде всего в превосходстве церковных функций над государственными. Государству поручено земное, т.е. низшее, церкви — небесное, т.е. высшее. "Аще бо и честен Вам престол царскiй является от прилежных ему каменiй и обдержаща и злата, должен есть судитися яко царь, но обаче яже на земли получил есть строительствовати и множае сiя власти не имѣть ничтоже. Священства же престол на небеси посажен есть. Кто си глаголетѣ — Сам Небесный Царь: елика бо аще свяжете на земли, будут связаны на небесѣх".
Никон выражает в рассматриваемом сочинении взгляд на священников как на посредников между Богом и людьми, распространенный в западноевропейской теологии. "От земли начало суда прiемлет небо. Понеже Судiя на земли осудит, Владыка бо послѣдует рабу, и яже убе сей осудит, сiя он горѣ утверждает. И между Бога и человѣческаго естества стоит священник, яже отнюду чести сводя к нам, яже от нас мольбы возводя".