Деятельность иезуитов не ограничивалась, впрочем, одною практическою областью. Чтоб успешно бороться с протестантизмом, надобно было облечь в новую форму учение средневековой церкви. Из их школы возникла громадная литература, и полемическая и догматическая. Главным центром этого движения была Испания, родина иезуитского ордена, откуда исходила преимущественно католическая реакция в XVI веке. В богословском отношении характеристическою чертою иезуитского учения было восстановление пелагианских начал. Это был главный вопрос того времени. Борьба между августинизмом и пелагианством, между началами закона и свободы, которую мы видели у лютеран и у кальвинистов, возгорелась и в среде иезуитов. Но между тем как протестанты старались воскресить в самой резкой его форме учение Августина, иезуиты, напротив, настаивали преимущественно на свободе человека и на личном его участии в деле спасения. Это опять объясняется тем, что признание естественной свободы в человеке давало возможность отрицать свободу духовную и сильнее подчинить верующего церкви. Естественная свобода ведет к греху, а грехи отпускаются церковью. С другой стороны, спасаясь отчасти собственными заслугами, человек на этом пути нуждается в постоянном руководителе, а таковым является иезуит, глубоко изучивший все извороты совести. Главным представителем пелагианских начал в XVI веке был испанский иезуит Молина. Он направил свою полемику против самой сущности теории Августина, развитой Фомою Аквинским. Философское основание этой теории заключалось в том, что движущие причины мироздания располагаются в иерархическом порядке, так что первоначальная причина движет второстепенные, которые в свою очередь передают движение низшим. Молина утверждал, напротив, что Бог и свободная воля человека относятся друг к другу, не как первоначальная причина и второстепенная, а как две частные причины, производящие общее действие. Очевидно, что это было отступление от системы Фомы Аквинского, согласное с учением Дунса Скота. Книга Молины возбудила самые горячие споры. Против нее восстали и некоторые иезуиты, но более всего доминиканцы, которые держались чистого учения Фомы Аквинского. Они требовали, чтобы это сочинение было объявлено еретическим, и папа бы весьма к тому склонен, ибо свобода, которую отстаивал Молина, была орудием обоюдоострым. Иезуиты успели, однако, предотвратить этот удар. Они были слишком необходимы папскому престолу, который принужден был щадить господствующие у них воззрения, тем более что они умели искусно обращать свое оружие в пользу Католической церкви.