На защиту императорской власти против папских притязаний двинулись не одни приверженцы теории всемирной монархии и крайние демократы, на поприще борьбы явились и схоласты. В это время учение Фомы Аквинского уступало уже место новому направлению. Еще в конце XIII столетия ему противопоставлена была другая система, которая, составляя венец богословского развития средних веков, вместе с тем повела схоластику к падению, ибо этими новыми началами исчерпывалось все ее содержание. Далее можно было идти только в подробностях, а не в общем миросозерцании. Эта система родилась в среди францисканцев. Основатель ее — Иоанн Дунс Скот, прозванный в средние века Учителем Тонким (Doctor Subtilis).
У Фомы Аквинского весь мир представлялся неизменным порядком, в котором высшие ступени бытия действуют на низшие, и все связывается и определяется непреложным законом, разумною целью причин и следствий, идущею сверху книзу. В основание этой теории были положены заимствованные у Аристотеля категории материи и формы, но материя низводилась до совершенно страдательного бытия, почти до ничтожества. Свободе в этой системе также оставалось мало места. Вследствие господствовавшего раздвоения, а отчасти и под влиянием Аристотеля она допускалась в низшей области, но всегда в подчинении высшим началам, действующим на нее извне. Св. Фома затруднялся даже, как отстоять свободу воли при всеобщем, преобладающем у него детерминизме.
На совершенно иную точку зрения становится Дунс Скот. Он также принимает категории Аристотеля, но ставит их в иное отношение друг к другу, приближаясь к тому значению, которое имели эти начала у великого греческого философа. Против учения Фомы Аквинского о материи Дунс Скот возражает, что возможность или способность тогда только воспринимает в себя внешнее действие, когда она в себе самой имеет к тому расположение. Предмет вызывается к действию внешним объектом, но действует сам, собственною, присущею ему силою. Поэтому нельзя понимать материю и форму как два начала, из которых одно является только деятельным, а другое только страдательным. Между ними есть взаимодействие; одна противоположность требуется другою, и только из сочетания обеих образуется все сущее. Господствующее в мироздании начало не есть подчинение низших предметов высшим, а соответствие или пропорциональность противоположных элементов: формы и материи, деятельного и страдательного, субъекта и объекта, общего и частного, сверхъестественного и естественного, божественного и человеческого.
При таком воззрении материя, область частных отношений, получает у Дунса Скота гораздо более самостоятельности, нежели у его предшественников. Она становится необходимым элементом всякого частного бытия. Материя приписывается даже бесплотным духам. Вследствие того же идеального направления человеческая свобода приобретает также гораздо большее значение, нежели прежде. Человек в учении Дунса Скота не является только страдательным сосудом, в который вливается Божья благодать; человеческая воля собственною деятельностью стремится к высшей цели, хотя и не может ее достигнуть без Божьей помощи, ибо во всем требуется взаимодействие двух элементов. Точно так же и человеческий разум по самой своей природе предназначен к познанию высших истин; для этого не нужно сверхъестественное возвышение его сил, хотя и здесь необходима помощь со стороны Бога, ибо и познание приобретается взаимодействием субъекта и объекта. Но эта помощь не есть деятельность, извне приходящая и подчиняющая человека внешнему для него закону; это сила, действующая внутри человека, возбуждающая и направляющая естественные его способности. Извне данный закон сам по себе не в состоянии подвинуть человека на добро; он не пропорционален человеческой способности. На это нужна внутренняя деятельность Духа.
Из двух высших способностей человека Дунс Скот, в противоположность Фоме Аквинскому, ставил волю выше разума. Принимая начала Аристотеля, он, так же как св. Фома, считал конечную цель высшим началом жизни; но по его учению, ближайшее отношение к цели имеет воля, которая к ней стремится и ее достигает. Разум дает здесь только предварительные указания; он не определяет воли, как утверждал св. Фома, а доставляет ей только материал. Воля, по существу своему, свободна и может произвольно выбирать из противоположностей. Одним словом, детерминизм Фомы Аквинского Дунс Скот заменяет индифферентизмом, т. е. безразличным отношением воли к противоположным определениям. Сообразно с этими началами, он полагает высшую цель человека не в деятельности разума, не в познании истины, как утверждал св. Фома вслед за Аристотелем, а в практическом начале, в удовлетворении воли. В этом заключается высшее блаженство, которое состоит в единении с Богом, конечною целью всего сущего.