Замечательно, что арминиане, давая более простора естественной свободе человека, вместе с тем защищали свободу совести и допускали большее влияние гражданской власти на церковь, нежели их противники. Это было приближение к лютеранскому вероисповеданию. Гомаристы, напротив, отстаивали как религиозную нетерпимость, так и полную независимость церкви, которой они старались даже подчинить светскую власть. Последнее направление более соответствовало учению Кальвина, который и в церковном устройстве проводил свои суровые начала. С одной стороны, в церковь вводилось чисто демократическое управление, с другой стороны, над ее членами устанавливалась самая строгая нравственная дисциплина, ибо этим истинные сыны Божьи отличались от грешников. Видя в церкви союз избранников, Кальвин естественно возложил на общину всю полноту церковной власти. Все, похожее на епископский сан, было устранено. Управление было вручено пресвитерской коллегии, составленной из пастора и общинных старшин. Представители отдельных общин в свою очередь составляли соборы, облеченные законодательною властью. Этим выборным правителям поручалось охранение нравственной дисциплины в общине. Главным их орудием, так же как некогда у пап, было отлучение от церкви, которое Кальвин считал необходимым в церковном управлении. Таким образом, во имя религиозных требований личная свобода устранялась здесь народовластием. Община держала своих членов под самым деспотическим гнетом. Сам Кальвин непреклонно и неутомимо боролся с так называемыми либертинами, дозволявшими себе в жизни более свободы; в Женеве он успел установить самый строгий нравственный порядок. Такую же дисциплину постоянно соблюдали пуритане в Шотландии, в Англии и, наконец, в Америке.
Однако Кальвин не признавал за церковью права употреблять принуждение. По его теории, согласно с духом протестантизма, она должна действовать только учением и духовными наказаниями; принудительную власть имеют одни светские правители. Кальвин еще более, нежели лютеране, настаивал на разделении церкви и государства. Но, с другой стороны, во имя нравственного закона он требовал, чтобы светская власть подчинялась суду церкви, произносящей свои решения на основании слова Божьего. Добрый император стоит внутри церкви, а не над церковью, писал он, повторяя слова Амвросия. Но из этого требования, так же как и в средние века, естественно вытекало перенесение церковных начал на гражданскую область. Нравственную дисциплину, которую церковная власть охраняла духовным оружием, светская власть должна была поддерживать принудительными средствами. Церковь осуждала еретиков, гражданский правитель предавал их сожжению. Смешение ведомств было здесь тем легче, что светская власть и церковная не различались по своему существу, по крайней мере там, где кальвинизм сделался господствующим. Если у лютеран слияние церкви и государства произошло вследствие соединения обеих властей в лице князя, то здесь оно было естественным последствием того, что обе власти лежали в одной и той же общине. Результатом было вторжение народовластия в самую внутреннюю область человека, в его нравственную жизнь, т. е. установление самого невыносимого деспотизма во имя свободы. Это одно из тех противоречий, которыми так обильны бывают односторонние учения.