В последние годы возглавления Элладской Церкви Архиепископом Хризостомом II важное место в жизни Церкви занял вопрос о «метафетоне» (принципе перемещаемости митрополитов), решение которого привело к конфликту иерархии с правительством. Следует отметить, что в течение последних ста лет в истории Элладской Церкви ни один епископ не сменил вверенной ему епархии, так как считалось, что он «обручен» со своим «уделом» и соединен
Большинство митрополитов настаивало на восстановлении «метафетона» и на назначении епископов на вакантные кафедры. Правительство Стефанопулоса обещало провести соответствующий закон. Однако против этого выступил митрополит Элевферуполийской епархии в северной части Греции. Жалоба его поступила в административный суд, который незамедлительно вынес решение, что пока следует обождать с перемещением иерархов. На это решение 36 митрополитов из 51, сумевшие привлечь на свою сторону Архиепископа, ответили «мятежом». Руководящим лицом этой группы архиереев явился бывший митрополит Арголидский, тоже Хризостом, который тем временем без санкции государства перебрался в большую Пирейскую епархию и угрожал правительству «землетрясением, подобным агадирскому», если оно будет препятствовать посвящению избранных кандидатов. Собравшийся 16 ноября 1965 года Синод постановил осуществить намеченные перемещения епископов. Вместе с тем были избраны епископы на 15 свободных кафедр. В ответ на это решение был издан королевский декрет, повелевавший закрыть Синод. Митрополиты заявили, что король может только созывать Синод, но не распускать, и продолжили деяния. Тогда министр культов объявил этих 36 митрополитов «вне закона». Правительство заняло еще более жесткую линию. 22 ноября оно одобрило проект закона, основными пунктами которого были следующие.
1. Все перемещения и выборы, произведенные до этого ассамблеей 36 иерархов, считать недействительными. Это решение относится также и к новым епископам, посвящение которых уже состоялось.
2. Вместо существующего Священного Синода должен прийти новый Синод. Он будет возглавляться Архиепископом Афинским и состоять из девяти — двенадцати епископов, назначаемых греческим правительством сроком на один год. Королевским декретом этот срок может быть сокращен или продлен.
3. После образования нового Священного Синода в течение месяца должны быть проведены новые выборы на 15 вакантных кафедр. «Незаконно» избранные епископы могут быть переизбраны.
4. Епископы впредь будут избираться не пожизненно: в возрасте 80 лет они должны будут уходить на покой.
5. При реорганизации финансов Церкви будет определено денежное содержание духовенства и создана центральная касса, в которую будут поступать доходы за совершение богослужений. Эти средства впредь будут распределяться поровну между епископами и позволят поддерживать нуждающихся священников и учащихся духовных учебных заведений. Личная собственность епископов после их смерти должна отходить не к их родственникам, а к организации, управляющей собственностью Церкви.
Срочно созванный Священный Синод заявил о своем полнейшем несогласии с этим проектом, который поставил бы Церковь в «положение гонимой». Кроме того, он пригрозил закрыть церкви, в продолжение пяти дней звонить в колокола похоронным звоном и обратиться с призывом к Вселенскому Патриарху, к главам других Автокефальных Православных Церквей и к Всемирному Совету Церквей.
Священный Синод не замедлил подать правительству меморандум, в котором отмечалось, что член регентского совета протестант Г. Маурер, провозгласив Православную Церковь Эллады Автокефальной, «ввел действовавшую в Баварии систему несовершенного церковного подчинения». Однако Томосом Константинопольского Патриарха Анфима в 1850 году Церковь была провозглашена независимой от всякого светского вмешательства, и во главе ее был поставлен Синод с Председателем Митрополитом Афинским. Будучи господствующей, Церковь Греции незыблемо соблюдает Святое Предание и каноны, «ни на один волос не отклоняясь от них и от православного учения». Вопреки Томосу 1850 года законодатель последовал иным путем — функционирование церковной жизни в Греции было организовано «согласно правилам и законам системы несовершенного церковного подчинения». В связи с этим Церковь Эллады находилась «под постоянной угрозой политического кинжала». После указа 1959 года «дело управления оказалось в очень неприятном положении проведения трагического затягивания».