С получением политической независимости в стране развивается широкое движение за провозглашение церковной автокефалии. Это движение шло «снизу», от народа, от низшего духовенства. Решение об объявлении Албанской Православной Церкви автокефальной было принято в 1922 г. на «Великом Албанском православном церковно–народном соборе», состоявшемся в г. Берате под председательством протопресвитера Василия Марко. Собор избрал первым национальным епископом архимандрита Виссариона (Джованни), по происхождению албанца, окончившего Богословский факультет Афинского университета. В момент избрания архимандрит Виссарион проходил священническое служение в одном из храмов г. Софии. Бератский Собор определил найти и других кандидатов во епископы Албанской Православной Церкви, а также избрал Временный верховный церковный совет, который до 18 февраля 1929 г. (времени образования св. Синода Албанской Православной Церкви) имел в Албанской Православной Церкви верховную церковную власть.
Спустя несколько месяцев из Константинополя в Албанию прибыл епископ Мелитопольский Иерофей в качестве специального Патриаршего Экзарха по делам Албанской Церкви. По прибытии в Албанию он занял свободную Корчинскую кафедру. Решения Бератского Собора Патриарший Экзарх не отверг и в своей текущей архипастырской работе руководствовался указаниями Временного верховного церковного совета.
В 1923 г. сторонники албанской церковной автокефалии начали официальные переговоры с Константинопольской Патриархией. Поначалу они ограничивались требованиями лишь церковной автономии. Патриархия в принципе не возражала против автономии, но потребовала, чтобы богослужебным языком в Албанской Церкви оставался только греческий язык. Албанцы категорически отказались выполнить это требование, и отношения с Константинополем обострились.
В 1924 году из Константинопольской Церкви в Албанию прибыл Синадский епископ Христофор (Киси), вскоре занявший здесь Бератскую кафедру. По национальности он был албанцем, общеобразовательную и богословскую подготовку получил в Греции. Совместно с епископом Иерофеем по просьбе Временного верховного церковного совета он хиротонисал во епископа Албанской Церкви Фана (Феофана) Ноли (1882–1965)—одного из первых иерархов–албанцев, хорошо известного своему народу и в особенности церковно–общественным кругам в качестве талантливого переводчика на албанский язык книг Священного Писания, а также произведений мировой классики (Шекспира, Сервантеса, Тютчева и др.). Следует отметить, что двумя годами раньше — в 1922 году — в Албании была установлена феодально–мусульманская власть во главе с Ахметом Зогу. Политика правительства Зогу вызвала в Албании протест, который в 1924 году вылился в вооруженное восстание под руководством только что хиротонисанного епископа. Восстание было успешным. Зогу бежал. Но новое правительство, возглавленное епископом Фаном Ноли, продержалось у власти недолго — всего лишь 8 месяцев (с мая по декабрь 1924 года). Не став сразу на путь действительной демократизации страны, оно быстро пало под новым натиском реакции, поддержанной в финансовом отношении итальянским и югославским правительствами. Ахмет Зогу вернулся в Тирану и в 1928 году провозгласил себя «королем албанцев». Епископ Фан Ноли был вынужден покинуть Албанию. Тем временем архимандрит Виссарион, избранный во епископа еще в 1922 году Бератским Собором, вступил в переговоры с Сербской Патриархией о своей хиротонии. Вероятно, с ведома сербской церковной власти в мае 1925 года он был в Герцеговине (в Саввинском монастыре) хиротонисан двумя русскими архиереями, эмигрировавшими в Югославию, Михаилом Ставропольским и Гермогеном Екате–ринопольским. Но хиротония Виссариона и его прибытие в Албанию не принесли спокойствия в бурную обстановку церковной борьбы.
В 1926 году были возобновлены переговоры с Константинополем. От имени Патриархии в Тиране их вел митрополит Трапезундский Хрисанф (впоследствии Архиепископ Афинский). После немалых разногласий Константинополь, наконец, утвердил автономию Албанской Православной Церкви [527]
. Но местные церковные деятели не считали дело завершенным и стремились к достижению полной самостоятельности. В феврале 1929 г. епископ Виссарион вместе с находившимся в течение нескольких лет в Албании епископом Сербской Православной Церкви Виктором, без каких бы то ни было предварительных соглашений с Константинополем, хиротонисал еще трех епископов—албанцев. Албанская церковь, таким образом, получила полноту своих иерархов. Четыре епископа составили Священный Синод Албанской Православной Церкви, который незамедлительно избрал епископа Виссариона своим председателем и архиепископом всея Албании.Вслед за утверждением св. Синода королем Зогу Синод провозгласил Албанскую Православную Церковь автокефальной, а ее Предстоятель письменно уведомил о происшедшем в Албании другие Православные Церкви.
Греческие архиереи — представители Константинопольского Патриарха — были высланы из Албании, а сербский епископ Виктор был возведен Синодом на Шкодранскую кафедру.