Патриаршим Экзархом Западной Украины был назначен архиепископ (потом митрополит) Николай (Ярушевич), а в Западной Белоруссии церковное управление возглавил в качестве Экзарха Московской Патриархии находившийся на покое в Жировицком монастыре архиепископ Пантелеймон (Рожновский). Вскоре (в июле 1940 г.) архиепископ Николай был определен и Экзархом Западной Белоруссии, а архиепископ Пантелеймон был назначен только правящим архиереем новосозданной очень большой (около 300 приходов) Гродненско–Виленской епархии (1950 г. в эмиграции).
С приходом на Украину и в Белоруссию советских войск распалось и дело унии: поджигатели ее бежали на запад. В украинских приходах, где насильно внедрялось униатство, стал постепенно восстанавливаться церковно–славянский язык.
На другой части территории бывшей Польши, которая была оккупирована Германией, было создано так называемое «Генерал–губернаторство». Православное население и здесь также единодушно выразило желание ликвидировать незаконную автокефалию, принесшую немало бед Православной Церкви в бывшей Польше. В связи с этим последовало обращение к архиепископу Берлинскому и Германскому Серафиму (Ляде), подчинявшемуся «Священному Синоду Русской Православной Церкви за границей», с просьбой прибыть в Варшаву и взять в свои руки дела управления Варшавской епархией. Действительно, в ноябре 1939 года архиепископ Серафим прибыл в Варшаву, но встретил здесь упорное сопротивление Митрополита Дионисия, который не желал отказываться от автокефалии и своих прав, мало того, он предлагал архиепископу Серафиму присоединить Германскую епархию к возглавляемой им — Митрополитом — Православной Церкви. Это обстоятельство вынудило архиепископа Серафима вернуться в Берлин. Однако церковно–общественные круги Варшавской епархии оказали давление на Митрополита Дионисия и вторично призвали в Варшаву архиепископа Серафима. Последний восстановил деятельность многих храмов, отнятых ранее у православных, открыл ликвидированный католиками Турковицкий женский монастырь, организовал братство Свято–Владимирское, восстановил Холмское Рождество–Богородичное братство и проч. Но и при архиепископе Серафиме официальной отмены автокефалии не произошло. Имя Митрополита Дионисия как главы Церкви продолжало поминаться за всеми богослужениями. А в сентябре 1940 года с помощью украинских националистов Митрополит Дионисий был возвращен к власти. С этого момента возглавляемая им Церковь называлась «Автокефальная Православная Церковь в Генерал–губернаторстве». В жизни этой Церкви скоро стали выявляться украинские настроения: в Варшавскую духовную консисторию Митрополитом были назначены священнослужители украинцы, дела велись в ней только на украинском языке, печатные церковные издания стали выходить на украинском языке, в Холме была открыта Православная Украинская Духовная Семинария.
7. Украинские Автономная и «Автокефальная» Церкви на оккупированной немцами территории во время Второй мировой войны
Внезапное нападение Германии на Советский Союз в июне 1941 года и начавшаяся война, оккупация Украины и Белоруссии немецкими войсками принесли много изменений в церковной жизни.
На Украине образовались две церкви: Украинская Автономная Православная Церковь и, так называемая, «Автокефальная Украинская Церковь». Во главе первой стоял архиепископ Алексий (Громадский), возведенный в сан митрополита Собором епископов в июле 1941 года в Свято–Успенской Почаевской Лавре; во главе второй — бывший — викарий Волынской епархии епископ Поликарп (Сикорский), порвавший связь с Матерью–Русской Церковью и лишенный ею 28 марта 1942 г. не только сана, но и монашества. Митрополит Дионисий, пытаясь утвердить свою власть на оккупированных землях Украины и Белоруссии, 15 июля 1942 года обратился со специальным меморандумом к немецким властям, но поддержки не нашел. Обе Церкви — Автономная и «Автокефальная» — имели в Киеве и в других важнейших городах Украины своих епископов. Богослужение в Автономной Церкви совершалось на церковнославянском языке, только с «украинской вымовой», а в «Автокефальной» — на украинском.
Отношения между представителями двух ориентации были враждебными, что расстраивало общую церковную жизнь. В конце концов, епископы обеих Церквей пришли к выводу, что для блага Православия нужно примирить оба течения и прекратить смуту. В связи с этим в Почаевскую Лавру прибыли к митрополиту Алексию два епископа «Автокефальной» Церкви Никанор (Абрамович) и Мстислав (Скрипник), где 8 октября 1942 года и был подписан акт объединения. Но так как в акте утверждалась только одна Церковь и именно «Автокефальная», то все епископы Автономной Церкви не признали этого деяния, и дела церковного управления остались в прежнем состоянии. Свой поступок митрополит Алексий потом объяснял тем, что он руководствовался большим желанием водворения мира и согласия в Церкви.