Моравско–Паннонская архиепископия, основанная святым Мефодием, входила в ведение Восточной Церкви. Усердно занимаясь миссионерской работой, святые братья готовили кадры духовенства из местного населения и представляли своих моравских учеников Константинопольскому Патриарху для рукоположения в священный сан.
История древней Чехо–Словацкой Православной Церкви или, как ее справедливо называют теперешние чехо–словацкие церковные историки, «Мефодиевской Церкви»
[627], ознаменовалась борьбой с влиянием латинской пропаганды, которую активно поддерживали местные феодалы. Уже в первые годы деятельности святые братья были обвинены в «ереси» перед папой немецким клиром, придерживавшимся латинских обычаев. Чтобы опровергнуть клевету, святые Кирилл и Мефодий направились в Рим с намерением изложить папе Николаю I проповедуемое ими учение. Последнее обстоятельство было использовано католическими историками для утверждения, что святые братья якобы находились в юрисдикции папы, почему и должны были явиться в Рим для суждения о них. На самом же деле, свидетельствуя о Православии своего учения перед Римским первосвященником, занимавшим на Западе первое место по чести среди прочих епископов, они хотели устранить вмешательство немецкого клира в дела их миссии. Подтверждением такого мнения служит факт торжественной встречи святых братьев папой Адрианом II (867–872), преемником скончавшегося папы Николая I (859–867). Римские епископы не имели обыкновения торжественно встречать тех, кто им был подчинен или, тем более, являлся к ним с повинной. Правда, здесь могут возразить, что папа встречал не братьев, а привезенные ими мощи святого Климента. Однако если бы святые братья явились в Рим по обязанности, то должны были бы отдать и святые мощи. Но, как известно, папа просил привезти святые мощи.В Риме просветители славян задержались на некоторое время в связи с прославлением памяти святого Климента, в честь которого в Риме был воздвигнут новый храм. Слабый здоровьем, святой Кирилл здесь занемог и вскоре скончался (869). Похоронили его в храме святого Климента.
Хотя деятельность святых братьев и не была осуждена в Риме, условия для дальнейшего благовестнического труда оставались тяжелыми. Святой Мефодий, не исповедовавший Филиокве, был обвинен баварскими епископами в нарушении догматов и заключен в тюрьму. Пребывание в заключении подорвало здоровье Святителя. 6 апреля 885 г. он скончался. Вскоре после его кончины в Великой Моравии интригами латинского епископа Вихинга православные храмы были разрушены и ученики святого Мефодия изгнаны. «Климент, Наум и Ангелар бежали на юг — в Македонию, Болгарию и Сербию, Савва — в пределы нынешнего Закарпатья, а Горазд — в Западную Русь на Волынь и Киевщину»
[628]. Восточная славянская церковная организация была уничтожена. Лишь в Восточной Словакии Православие как церковная организация удержалось.«Сохранились исторические данные о том, что в XIII столетии в Спише существовал православный настоятель и в то же время там совершалась литургия шестью священниками по восточному обряду на славянском языке. Все шематизмы Пряшевской епархии свидетельствуют о том, что с XI по XV вв. Православие крепко держалось на Пряшевщине. М. Филло пишет, что это прямо чудо, как могли удержаться православные здесь, когда уже в XI веке местные феодалы и венгерские короли, из которых особенно Ладислав (XI в.) вместе с Остригомским и Клочским епископами принимали все меры к тому, чтобы латинизировать местное православное население»
[629]. В XIII в. на Спише (ныне в Словакии) епископами были Иаков и Лука [630]. Епископ Лука совершал для угорского (венгерского) короля Андрея III богослужения на славянском языке. Необходимо отметить, что при династии Арпадовичей Православие имело прочные позиции в Венгрии. Об этом свидетельствует письмо папы Иннокентия III королю Эмериху, датированное 1204 годом, в котором папа выражает неудовольствие по поводу того, что в Угорском королевстве существует всего–навсего один латинский монастырь, в то время как восточных, православных монастырей много [631]. Видимо, Православие питалось здесь духовными соками своего духовного центра — Киева, к которому здешние православные принадлежали вместе с Мукачевской епархией.