Скоро положение Марии Стюарт сделалось нетерпимым. Она решительно не могла держаться среди боровшихся партий и хотела выйти замуж, чтобы опереться на мужскую руку; помехой ее здесь была Елизавета; без нее трудно ей было выйти, ибо Елизавета имела значительную протестантскую партию в Шотландии. Наконец, Мария вышла за Генриха Дарнлея отчасти с ведома, но без явного согласия Елизаветы. Этот брак был самым несчастливым для Марии: молодой король отличался только наружной красотой, но был человек очень обыкновенный, ограниченный и бездарный. Вскоре он глубоко оскорбил королеву: движимый безумною ревностью, он ворвался в ее комнату и убил у ног ее любимца ее, певца и музыканта Давида Ричио. Ричио находился действительно в близких отношениях к королеве и пользовался ее доверенностью, но он был человек пожилой и безобразный: королева употребляла его для своих тайных поручений, он был из числа тех итальянцев, которых так много рассеяно было тогда при дворах европейских. Но вскоре самого Дарнлея постигла трагическая судьба: королева не жила с ним, он жил в одном из предместий эдинбургских, Мария посещала его, но один раз, после того как она уехала от него, дом, в котором он жил, был взорван на воздух. Кто бы ни был виновник этого, общее мнение указало на королеву, и не без основания: конечно, не ей в голову пришла эта мысль, но она ею воспользовалась. Виновником дела был некто граф Ботвель, находившийся, действительно, в любовной связи с королевой. Вскоре он увез Марию, и это похищение сделано было так неловко, что казалось, будто она сама этого хотела, и обвенчался с ней. Брак с Ботвелем при таких странных обстоятельствах вызвал негодование в целой Шотландии. Нравственное чувство народа было оскорблено. Проповедники реформы восстали с вящей силой против королевы-католички, позволявшей себе такого рода проступки. Кроме того, бароны шотландские смотрели с негодованием на Ботвеля, так счастливо возвысившегося из среды их. Результатом этого было всеобщее восстание: Ботвель, хотя сам по себе мужественный и смелый, не оказал в эту минуту энергии и талантов; он не дал даже битвы врагам своим, бежал, сделался пиратом, взят в плен датчанами и умер в темнице. Но Мария была также взята баронами в плен и заключена; побочный брат ее был назначен правителем во время малолетства сына ее от Дарнлея.
Ей удалось бежать, еще раз собрать приверженцев, но она была разбита, и в 1568 году она должна была искать убежища во владениях врага своего – Елизаветы.