Но Карл не терял времени, как это делали протестанты. Весною 1547 года он явился на Эльбе. Курфюрст Иоанн Фридрих, человек лично бесстрашный, но плохой полководец, не ждал такого быстрого движения; он стоял у Мюльберга (Muhlberg) с 6000 войска, тогда как у Карла было 27 000; войсками последнего начальствовал один из знаменитейших тогда полководцев, герцог Альба. Он под неприятельским огнем перевел войска через Эльбу. Саксонцы разбежались почти без битвы; курфюрст оказал личное сопротивление, но был ранен, сбит с коня и взят в плен (24 апреля 1547 г.). Эта неудача ослабила, но не сокрушила сопротивление протестантов. Император произнес над курфюрстом смертный приговор – поступок первый в таком роде, невозможный прежде без определения и согласия курфюрстов. Иоанн Фридрих услышал об этом приговоре с чрезвычайным равнодушием. По всей вероятности, император не имел прямого намерения его исполнить и хотел только напугать курфюрста. Он требовал от последнего приказания сдаться тем из его городов, которые еще держались: курфюрст согласился; во-вторых, он потребовал, чтоб Иоанн Фридрих отказался от курфюршества и передал его Морицу: курфюрст согласился и на это требование; но когда император потребовал, чтоб он признал власть и решения Тридентского собора, курфюрст отказался решительно. Судьба его была решена: он подвергся вечному заточению. Земли его переданы Морицу, но сыновья его, впрочем, получили часть отцовского наследия в Веймарском герцогстве и Тюрингии. Мориц Саксонский, Иоахим Бранденбургский явились ко двору императора с покорностью.
Оставался только один ландграф Филипп Гессенский. За него ходатаем был зять его Мориц. Он заключил с императором такое условие: было положено, что Филипп явится ко двору Карла и изъявит полную покорность и готовность исполнять требования Карла; с своей стороны, Карл обещался не наказывать его ни смертью, ни конфискацией, ни заточением. Филипп прибыл в Галле, где находился император; он явился с многочисленной свитой, спокойный, веселый, уверенный в безопасности. Он вошел в залу с улыбкою на устах (18 июня). На коленях он просил императора о прощении; но улыбка не раз появлялась на его лице, и стоявшие близко слышали слова Карла: «Я отучу тебя смеяться». В тот же вечер ландграф за обедом у герцога Альбы был арестован. Карл не мог устоять против искушения наказать двух главных противников Филиппа и курфюрста Саксонского. На возражения Иоахима Морица он отвечал, что не обещался наказывать ландграфа вечным заточением, но что император имеет право сократить или увеличить срок заточения: Филипп был отправлен в Нидерланды, где его содержали очень строго.
Теперь Морицу Саксонскому пришлось пожинать плоды своей измены: тесть его находился в плену, протестантская партия находилась в изнеможении. Только некоторые города, и в том числе особенно Магдебург, подавали героический пример. Магдебург принял до 400 протестантских священников, бежавших из своих паств, обещал помощь каждому, кто пострадает за новое учение. Карл обращался с Германией, как с испанской провинцией; он ввел в нее огромное количество испанских и итальянских войск, собирал огромные суммы с немецких городов. Никогда не был он могущественнее.
Но это могущество было так велико, что возбудило опасение папы. Мы имеем положительные известия, что папа был огорчен такою решительною победою над протестантами, ибо ему теперь угрожал не менее опасный перевес императора. Действительно, папа отозвал свои войска и перестал давать деньги Карлу. Собор Тридентский, собранный для решения тогдашних вопросов, не мог внушить доверия протестантам: он состоял из лиц, принадлежащих к орденам, известным своею ненавистью к протестантству. В первых же решениях собора обнаружились его отношения к последнему: перевод Вульгаты был признан каноническим текстом; все те учения католицизма, на которые протестанты наиболее нападали, признаны в прежней силе и даже еще в большей; предание поставлено наряду со Священным Писанием. Карл был недоволен этими решениями: он требовал, чтобы по крайней мере они хранились в тайне, ибо их гласность отнимала последнюю надежду на примирение с протестантством. Папа перевел собор в Болонью: император запретил своим духовным представителям переезжать туда; таким образом, собор разделился. Глазам Европы представилось зрелище: императора, торжествующего над протестантами, и папы, недовольного этим торжеством.