Однако даже обновленцы не были готовы к столь кардинальным преобразованиям, поэтому собор смог принять лишь незначительные изменения, такие как разрешение второбрачия; о реформе календаря, т. е. о переходе на новый стиль летоисчисления; постановил закрыть городские монастыри. Собор также признал автокефалию украинской Церкви и осудил духовную эмиграцию, отлучив от Церкви участников Карловацкого собора, учредивших в 1921 г. Русскую православную Церковь за границей. Ни один из предложенных проектов существенных реформ Церкви не получил соборной поддержки. Собор большинством голосов принял постановление «О православной Церкви, социальной революции, советской власти и патриархе Тихоне». В постановлении была одобрена революция и осужден капитализм как антихристианское состояние общества, была отменена анафема в адрес большевистской власти, исходившая от Тихона, а он сам был изобличен в контрреволюционной деятельности. Однако даже эти минимальные изменения, принятые собором, вызвали отпор со стороны большинства священнослужителей и мирян, усмотревших в них «порчу русского Православия и измену вере отцов». Летом 1923 г. должен был быть объявлен приговор патриарху Тихону, обвиненному в 1922 г. на московском «процессе 54» в отказе помогать голодающим и в сочувствии контрреволюционному движению во время гражданской войны. Одиннадцать обвиняемых на этом процессе были приговорены к расстрелу; такой же приговор ожидал патриарха. 16 июня 1923 г. Тихон обратился в Верховный суд РСФСР со следующим заявлением: «Будучи воспитан в монархическом обществе и находясь до самого ареста под влиянием антисоветских лиц, я был настроен враждебно к советской власти, причем враждебность из пассивного состояния временами переходила к активным действиям, как то: обращение по поводу Брестского мира в 1918 г., анафематствование в том же году власти и, наконец, воззвание против декрета об изъятии церковных ценностей в 1922 г. Признавая правильность решения суда о привлечении меня к ответственности за антисоветскую деятельность, я раскаиваюсь в своих поступках против государственного строя и прошу верховный суд изменить мне меру пресечения, т. е. освободить меня из-под стражи. При этом я заявляю верховному суду, что я отныне не враг советской власти». Тем, кто осуждал патриарха, подписавшего подобное заявление, он смиренно отвечал: «Пусть погибнет имя мое в истории, только бы Церкви была польза», и добавлял, что с радостью принял бы мученическую смерть, но судьба остающейся Русской православной Церкви лежит на его ответственности. Жить патриарху Тихону разрешили в Донском монастыре, откуда он обратился с посланием ко всем верующим православным государства, где, в частности, говорил: «Ныне, выйдя из стен заключения и ознакомившись подробно с положением церковных дел, мы снова восприемлем первосвятительские полномочия, временно переданные нами заместителю нашему митрополиту Агафангену, но им, по независящим обязательствам, не использованные, и приступаем к исполнению своих пастырских обязанностей, усердно моля Владыку Церкви, Господа нашего Иисуса Христа, да подаст нам силы и разумение к устроению Церкви Своей и к водворению в ней духа любви, мира и смирения». Вскоре после смерти Ленина, в марте 1924 г., президиум ВЦИК принял постановление о прекращении дела патриарха Тихона и его сподвижников. Патриарх обратился с официальным письмом к Калинину, в котором ходатайствовал о легализации Священного Синода и епархиальных управлений на местах, но ответа на прошение не последовало. Ужасное несчастье обрушилось на патриарха в декабре 1924 г. – во время очередного покушения на жизнь первосвятителя был убит самый близкий ему человек, келейник Полозов. После этого здоровье патриарха, и без того слабое, заметно ухудшилось – он стал подвержен обморокам, участились приступы грудной жабы. Выполнять функции патриарха Тихону власти старались не давать. «Лучше сидеть в тюрьме, – сетовал он по этому поводу, – я ведь только считаюсь на свободе, а делать не могу ничего. Посылаю архиерея на юг, а он попадает на север, посылаю на запад, а его привозят на восток». Эти слова означают, что до своих епархий архиереи часто не добирались – их отправляли в северные и восточные лагеря и ссылки. Патриарх Тихон скончался весной 1925 г. в частной лечебнице Бакуниных, как говорится в медицинском заключении, от приступа грудной жабы. Похороны первосвятителя происходили в Вербное воскресение в Донском монастыре при огромном скоплении народа; объединенные хоры Чеснокова и Астафьева пели «Со святыми упокой», звонили колокола всех московских церквей.
Канонизация патриарха Тихона как священномученика произошла на юбилейном соборе русской православной Церкви в 1989 г. собор был созван в связи с 400-летием учреждения патриаршества в России.