6 ноября 1941 г., когда немцы вплотную подошли к Москве, в переходе метро «Маяковская» состоялось торжественное заседание, посвященное 24 годовщине Октября, а 7 ноября на Красной площади состоялся военный парад, участники которого сразу же отправлялись на проходившую недалеко линию фронта. В своих речах Сталин говорил о великой русской нации и в качестве примера назвал «наших великих предков», благоверных святых князей Александра Невского и Дмитрия Донского, защитников русской земли от иноземцев и иноверцев, а также Суворова и Кутузова, имена которых в довоенное советское время не принято было упоминать, поскольку они «защищали царский режим и русскую буржуазию». Резкие перемены в отношении властей к религии начались летом 1941 г. Совершенно прекратилась антирелигиозная пропаганда, были закрыты журналы «Безбожник» и «Антирелигиозник». В свою очередь, Русская православная Церковь объявила верующим о сборе средств в помощь государству и Красной армии; взносы Церкви в фонд обороны только в первый период войны составил более 300 миллионов рублей. В самом начале войны возродилась религиозная активность народа – службы в храмах Москвы и блокадного Ленинграда проходили при огромном скоплении верующих; в Ленинграде на богослужениях присутствовало командование фронта во главе с маршалом Говоровым. Священнослужители ленинградской епархии были награждены медалью «За оборону Ленинграда» – событие до тех пор немыслимое. По личной просьбе местоблюстителя патриаршего престола Сергия Сталин согласился принять от православной Церкви для нужд армии купленные на собранные ею средства танковую колонну «Дмитрий Донской» и авиационную эскадрилью «Александр Невский». Сложная ситуация сложилась для Русской православной Церкви на оккупированных немцами территориях: в первый год войны были заняты Украина, Белоруссия, Молдавия, республики Прибалтики и многие области европейской части РСФСР. В конце 1941 г. митрополит Сергий обратился с новым посланием к пастве: «Гитлеровский молох пытается убедить мир, что он поднял меч «на защиту религии», во имя «спасения поруганной веры». Но всем известно, что это исчадие ада только прикрывает свои злодеяния лживой личиной благочестия. Во всех порабощенных им землях он творит гнусные надругательства над свободой совести, издевается над святынями, бомбами разрушает храмы Божии, бросает в тюрьмы и казнит христианских пастырей, гноит в тюрьмах верующих, восставших против его безумной гордыни, против его замыслов утвердить свою сатанинскую власть над всей землей». В это же время глава Русской Церкви призвал жителей оккупированных территорий хранить верность своей отчизне и ни при каких обстоятельствах не становиться на путь предательства. Основания для подобных заявлений были – в западных областях Украины и в Прибалтике далеко не все жители и возникшие в это время различные движения, в основном националистического толка, были настроены к фашистам враждебно, поскольку рассчитывали на помощь немцев в создании самостоятельных национальных государств, хотя вскоре поняли иллюзорность таких надежд. Однако в первое время на Украине сторонники автокефалии Украинской Церкви развязали настоящий террор против священнослужителей и прихожан Русской православной Церкви московского патриархата. Раскол обнаружился в самом начале оккупации. В конце августа 1941 г. на территории Почаевской лавры состоялся собор епископов православной Церкви, на котором глава собора архиепископ Алексий заявил, что поскольку все епископы Западной Украины «в свое время дали подписку о подчинении московской патриархии, то отдельные епископы и даже собор не могут самочинно устроить автокефалию». Поэтому до решения этого вопроса Москвой и всеми православными патриархами Украинская Церковь должна быть подчинена московской патриархии, но с правами автономии, данными ей Русской Церковью. При этом Алексей уверял собор, что он сам «твердо стоит на пути автокефалии и руководит делами Украинской православной Церкви лишь до того времени, когда автокефалия будет утверждена канонично». В начале 1942 г. в Пинске был созван собор архиереев автокефальной Украинской Церкви, в постановлениях которого утверждалось, что на Украине «существует два церковных течения: небольшое число сторонников московской патриархии и основная масса населения и пастырей, которые относились к Украинской автокефальной Церкви, которую возглавлял покойный митрополит Василий (Липковский) со своей иерархией». Началась острая борьба между этими двумя течениями; число сторонников московской патриархии автокефалистами намеренно приуменьшалось. Однако оккупационные власти были настроены против автокефалии, т. к. автокефалия по своей сути связана с самостоятельной государственностью, которой у Украины не было, и немцы не собирались ей такую самостоятельность предоставлять когда бы то ни было. Кроме того, в расчете на скорое завоевание СССР нацисты не хотели раскола в Русской Церкви. Об этом была выпущена директива немецких властей всем частям СС и полицейским комендатурам. А вот партизаны украинской повстанческой армии (УПА) активно поддерживали автокефальную Церковь; от их пуль в 1943 г. погиб глава Украинской православной Церкви московской патриархии митрополит Алексей и епископ этой Церкви Мануил. Во время отступления немцев все руководство автокефальной Церкви и часть иерархов автономной уехали на Запад, где большинство из них вошли в состав Русской православной Церкви за рубежом.