Во время Великого поста в 1946 г. только в патриаршем Богоявленском соборе исповедалось и причастилось более сорока тысяч человек. 8 марта 1946 г. во Львове в соборе Святого Юры состоялся собор греко-католиков. Было принято решение перейти под юрисдикцию московского патриархата. Участники собора писали в обращении к патриарху Алексию: «Наш собор является скорее началом нашего дела, нежели окончанием его. Мы должны еще побороть многие препятствия, чтобы святое Православие восторжествовало в каждом нашем приходе. Даже такой искусственный продукт, как уния, имеет глубокие корни в сердцах некоторых наших людей, потому что они с детства были ослеплены славой римской Церкви». Из 3431 униатского прихода в 1946 г. к 1959 г. перешли в православную Церковь 3222. В конце мая 1945 г. впервые за всю историю Русской Церкви московский патриарх совершил паломничество в Святую Землю. На встрече с иерусалимским патриархом Тимофеем патриарх Сергий заговорил о возвращении имущества Русской православной Церкви, которым тогда владела Русская православная Церковь за рубежом, московской патриархии. В 1948 г. после дополнительных переговоров часть имущества, находящаяся на территории Иерусалима, была передана Москве. Затем делегация отправилась в Антиохию, где патриархом православной Церкви был Александр III, друг России, выпускник Киевской духовной академии. После возвращения патриарха в Москву сопровождавшие его в поездке митрополит Крутицкий Николай и протоиерей Николай Колчицкий посетили Англию, где имели важную встречу с религиозными деятелями, готовившими организацию Всемирного совета Церквей (ВСЦ), в котором впоследствии в 1961 г. Русская православная Церковь приняла деятельное участие. До 1961 г. отношение московского патриархата к ВСЦ было резко отрицательным – на совещании глав поместных православных Церквей в Москве в 1948 г., посвященном полутысячелетнему юбилею русской церковной автокефалии, была принята резолюция против участия православных Церквей в совете, где основную роль играли многочисленные течения Протестантизма. В той резолюции говорилось о вере протестантов весьма резко: «Снижения требований к условиям единения до одного лишь признания Иисуса Христа нашим общим Господом умаляет христианское вероучение до той лишь веры, которая, по слову апостола, доступна “бесам”». Московское совещание 1948 г. стало важным событием в деле восстановления межправославных связей, нарушенных за время советской власти.
В 1947 г. секретарем ЦК партии по идеологии стал воинствующий атеист Суслов, в результате чего вновь значительно усилилась антирелигиозная пропаганда. Участились аресты священнослужителей и людей, близких к Церкви. Сталин не препятствовал этому частичному возвращению гонений на религию.