Ограничение темы доклада двумя годами войны было, конечно, не случайным – упоминание о предшествующих страшных временах могло нарушить хрупкое перемирие между Церковью и государством. В докладе «Долг христианина перед Церковью и Родиной в переживаемую эпоху Отечественной войны» ленинградский митрополит Алексий говорил о христианских основах ведения всякой справедливой войны: «Это – твердая вера в Бога, благословляющего справедливую брань, религиозный подъем духа, сознание правды ведомой войны, сознание долга перед Богом и Родиной. Это источник неисчерпаемый, никогда не идущий на убыль, источник веры с порывом покаяния, исправления жизни, желания чистоты нравственной. Он питается молитвами и подвигами». Говоря о главной причине созыва собора, об избрании патриарха «московского и всея Руси», Алексий предложил на эту должность местоблюстителя патриаршего престола митрополита Сергия, с чем единодушно согласились все епископы. Затем новоизбранный патриарх предложил создать при патриархе Священный синод из трех постоянных и трех временных членов. 12 сентября в Богоявленском патриаршем соборе происходила интронизация патриарха, во время которой Сергий сказал: «Собор преосвященных архипастырей постановил усвоить мне титул патриарха московского и всея Руси. Таким образом, наша Русская Церковь этим актом получила всю полноту канонического возглавления, управления и молитвенного предстательства. Но не во внешней красоте и величии сила Христовой Церкви. Поэтому я призываю всех верных чад Церкви к подвигам христианской жизни, чтобы наша православная Церковь облеклась в красоту христианских добродетелей». Лишь однажды за время собора и интронизации были в скрытой, но достаточно прозрачной форме упомянуты годы предвоенных кровавых гонений на Церковь: архиепископ саратовский Григорий сказал: «Радовалась Русская православная Церковь, когда 26 лет назад на пустовавший со времен Петра Великого патриарший престол был избран святитель Тихон. Засияла тогда наша Церковь полнотой своей жизни. Но недолго судил Господь святителю Тихону править Русскою Церковью – скоро взял его к Себе. И снова не стало патриарха, и снова осиротела Русская Церковь. Но Господь незримо хранит Свою Церковь: не стало на патриаршей кафедре патриарха, но преемственно стали управлять ею местоблюстители патриаршего престола. И в сознании всех верующих русских людей православная Русская Церковь по-прежнему осталась патриаршей. Не пошли русские православные люди за обновленцами, за григорианцами, за иосифлянами, автокефалистами и другими самочинными собраниями, которые возглавляли властолюбивые епископы и их приспешники, но пошли туда, где правил православною Церковью местоблюститель престола патриарха Тихона, сначала митрополит Петр, а потом до наших дней – митрополит Сергий. Тяжелый крест выпал на долю митрополита Сергия, скорбен был путь, которым пришлось ему итти: и епископы не все признавали его, и в народе враги Церкви старались возбудить против него злые слухи. Но он, православный канонист, твердо отмежевался от всякой нелояльной в отношении государства работы, на которую толкали его некоторые из его собратий епископов. Он помнил слова Христа: «Воздадите кесарево кесарю, а Божие Богу…» Он занялся исключительно устроением Церкви. Горько было блаженнейшему Сергию переживать все эти испытания, но он глубоко верил, что Церковью правит Господь и Своими премудрыми судьбами ведет ее к славе, а верующих к спасению, и потому он твердо шел своею дорогою и за 17 лет привел ее к тому спокойному и прочному положению, в каком находится наша православная Церковь в настоящий момент».