Юлиан с раздражением следил за каждым его действием; не прошло еще и года от возвращения Афанасия, как императорским указом было повелено ему удалиться, из Александрии в силу того, что указ, возвративший изгнанников, не имел в виду восстановление епископов на кафедры, которые они занимали до изгнания. Афанасий немедля выехал из города; а когда православные обратились к царю с просьбой возвратить епископа, это еще более раздражило Юлиана, и он велел изгнать Афанасия даже из Египта. И этого казалось мало. Вскоре пришло повеление разрушить главную церковь в городе и предать Афанасия смерти, если найдут его где-либо в Египте. Христиане со слезами провожали любимого епископа; он утешал их и говорил: "Не плачьте, это небольшое облако; оно скоро пройдет". Он на ладье поплыл по Нилу в Фиваиду. Воины, имевшие повеление умертвить его, последовали за ним. Они уже почти настигли его, но Афанасий велел обратить лодку и плыть им навстречу. Воины, не ожидавшие этого, не узнали его. "Далеко ли Афанасий?" — спросили они. "Нагоните скоро, если поспешите", — отвечали им спутники епископа. Они продолжали плыть; а Афанасий вышел на берег и вновь нашел убежище у пустынных подвижников. Изыскивая все способы, чтобы унизить христиан, Юлиан уничтожил все христианские символы на общественных зданиях и на знаменах, вводя повсюду статуи и символы языческих богов, не упускал случаев насмеяться над христианством и в публичных речах своих, и в сочинениях. Христианское духовенство он лишил всех прежних льгот и запретил делать завещания в пользу Церкви. В христианских училищах запретил изучать классических писателей древности под тем предлогом, что христианам довольно своих священных книг, так как сами их учители хвалятся не мудростью, а невежеством и простотой. Наконец, для посрамления их верования, он решил, хотя и обманом, вовлечь их в совершение языческих обрядов и приказал кропить кровью идольских жертв припасы, продаваемые на рынках. Господь не попустил такого посрамления верных. Предание гласит, что на первой неделе Великого поста епископу Константинопольскому явился ночью святой мученик Феодор Тирон и сказал: "Запрети христианам употреблять в пишу купленное на рынке; а пусть те, которые не имеют других запасов, сварят у себя пшеницу с медом". С этих пор ведется в Церкви обычай приносить на первой неделе Великого поста коливо в память святого мученика Феодора Тирона.
Зная ненависть иудеев к христианам, Юлиан стал оказывать особенное покровительство иудеям и верованиям и обрядам иудейским. Он задумал приступить к восстановлению храма Иерусалимского, надеясь нанести этим чувствительный удар христианству и доказать ложность пророчеств о разрушении храма. Иудеи приняли это предложение с восторгом. Восстановление храма было любимой мечтой несчастного народа; с возобновлением древней святыни связывал он надежды на величие и славу. Иудеи вновь возмечтали о независимости и толпами поспешили в Иерусалим. Уверенные в покровительстве царя, иудеи стали везде наносить оскорбления христианам; во многих городах они предавали их истязаниям, везде безнаказанно ругались над их верой. В Иерусалиме особенно положение христиан сделалось крайне тяжелым от оскорблений, которые наносили им торжествующие иудеи. Между тем приступили к работам.
Но едва успели расчистить место и приготовить материалы для постройки, как страшное землетрясение с бурей и вихрем разметало все заготовленное, и множество работников было завалено обломками и камнями. Оставили на время работу; когда же опять приступили к делу, произошло новое землетрясение, страшнее первого. На этот раз остатки еще уцелевшего основания были вырваны из земли, орудия разнесены вихрем; пламень клубами вспыхивал из земли и опалял работников. Ужас объял иудеев; они оставили предприятие, убедившись, что Сам Бог против них; многие уверовали и крестились.
В военных делах с германцами и персами Юлиан показал себя искусным полководцем; но последний задуманный им поход на Персию был неудачен и стоил ему жизни. Двинувшись со значительными силами, на пути он посещал знаменитейшие языческие капища, совершал усердно жертвоприношения и вопрошал оракулов; давал щедрые пособия на возобновление разрушенных языческих храмов, обещая открыть их торжественно на возвратном пути. Ободренный первыми успехами своего оружия, он зашел далеко за Евфрат, сжег за собой флот, понадеявшись на верный успех предприятия, но, внезапно окруженный персами в опасном месте, был смертельно ранен в сражении неприятельской стрелой. Утверждают, что перед смертью, в отчаянии, захватил он в горсть крови, текущей из раны, и бросил ее на воздух, воскликнув: "Ты победил, Галилеянин!" Так он скончался в 363 году.
Он хотел устранить веру, принесшую миру святые идеалы, святую отраду, но только успел закалить ее новым страданием; с его жизнью закончилось возрождение язычества.