При использовании трудов Аристотеля Фома Аквинский и другие средневековые христиане столкнулись с серьезной проблемой. Живший до Христа Аристотель в своем стремлении понять естественный порядок вещей опирался на разум и ничего не писал о том, что природа — творение Бога. В частности, рассуждая о человеческой «псюхё», он говорил о ней как о «форме» живого, а не как о бессмертной сущности, которой душа являлась для христиан. Чтобы сделать Аристотеля приемлемым для западной церкви, это следовало исправить. В результате получило распространение представление о душе как о предмете, пусть даже бессмертном, составляющем суть личности. Средневековые схоласты приписывали этой сущности различные способности — память, воображение, ощущение, — а некоторые даже связывали их с различными частями мозга.
В результате примерно к 1250 г. был заложен фундамент для традиции познания, обосновавшейся в университетах и продолженной современной наукой, — познания законов природы, в том числе природы человека. В состав тогдашних университетов входили три факультета: медицинский, юридический и факультет «царицы наук» — теологии. Кроме того, были и подготовительные курсы, на которых студенты изучали грамматику, диалектику (или логику) и риторику, а также более специальные предметы: арифметику, геометрию, музыку и астрономию. Никаких разграничений между дисциплинами, которые бы соответствовали современному делению на естественные и общественные науки, не было. Обычной практикой для студентов, еще не поступивших на высшие, специализированные факультеты, было изучение труда Аристотеля «De anima»; тем самым они приучались думать и рассуждать на психологические темы, как сказали бы мы сейчас, т. е. о способностях души, как говорили в то время. На труд Аристотеля было создано множество комментариев, которые использовались в качестве учебников; при этом комментаторы не скрывали, что с этим трудом связан ряд интеллектуальных проблем и, возможно, даже противоречий. Так, Аристотель писал, что при взгляде на предмет в глаз наблюдателя проникает нечто из этого предмета. Под этим «нечто» он понимал не физическую часть предмета, а, скорее, присущую ему «форму». Но как именно «форма» оказывает воздействие на глаз? Более того, как происходящее в глазу может вызвать изменение в душе, называемое ощущением или восприятием? Все это были исключительно сложные проблемы, но именно они стали в эпоху Ренессанса отправной точкой для появления ряда сочинений — сначала в виде рукописных трактатов, а затем и отпечатанных в типографии книг, — посвященных душе и ее функционированию в природном мире. В конце XVI в. (т. е. в десятилетия, предшествовавшие 1600 г.) у нескольких авторов эта область исследований выступает под именем psychologia. Но самые важные проблемы были по-прежнему связаны с вопросом о бессмертии души; в контексте Реформации, расколовшей западное христианство на католическую и протестантскую ветви, теологические диспуты брали верх над познавательными интересами.