Подозрения возникли в 1956 году. Генерал Моше Даян шутил только наполовину, когда, указывая на военного историка, спрашивал: «А что этот шпион здесь делает?». Это было как раз перед тем, как Бен-Гурион и Моше Даян отправились в Севр для секретных переговоров, которые открыли путь для вторжения английских, французских и израильских войск в зону Суэца. Даян был удивлен, увидев Беера на секретном сборном пункте, хотя сам Беер в Париж не летел.
Вечером 31 марта 1961 г. во время рутинной слежки за установленными иностранными разведчиками в Тель- Авиве бригада «Шин Бет» зафиксировала необычную встречу. Неизвестный человек передал папку с документами установленному сотруднику КГБ Виктору Соколову, работавшему под дипломатическим прикрытием. Бригада «Шин Бет» взяла неизвестного под наблюдение, и он привел ее прямо к дому Беера. Через несколько часов друг премьера был арестован. В папке, которую он передал Соколову, находились выдержки из дневника Бен-Гуриона и секретный доклад об одной израильской военной корпорации.
Беер уже раньше попадал в поле зрения Харела, когда он установил несанкционированный контакт с шефом западногерманской разведки генералом Рейнгардом Геленом.
В оборонительных планах НАТО Рейнгарду Гелену и его организации отводилось особое место. Во время второй мировой войны Гелен руководил подразделением германской военной разведки Абвера на Восточном фронте и засылал шпионов в Советский Союз. Теперь, работая на ЦРУ и «МИ-6», Гелен активизировал свою старую агентуру, оставшуюся в России. Советы хорошо понимали эту угрозу и хотели, чтобы кто-то помог им разобраться в том, чем занимался Гелен. Беер как высокопоставленный представитель Израиля, пользовавшийся доверием в Бонне, мог получить что-то интересующее его хозяев из КГБ.
Западные немцы, стремившиеся использовать любой повод для налаживания отношений с Израилем, предоставили Бееру на удивление широкий доступ к объектам НАТО, а также германским и американским военным базам в Европе. Бееру удалось получить для своих советских хозяев подробности контрактов на строительство ракетных баз для американского ядерного оружия. В качестве побочного продукта своей шпионской экспедиции он передал Советам информацию о закупке Израилем вооружений, поездках израильских военных по странам Европы и состоянии морального духа в израильской армии.
Харел подозревал, что Беер с самого начала был вывезен в Израиль коммунистами и начал активно работать как агент в 1956 году после получения условного сигнала от корреспондента ТАСС в Тель-Авиве. Русские платили Бееру наличными, которые он тут же тратил в барах, ресторанах и на женщин.
История его жизни удивительно напоминала историю другого предателя, англичанина Кима Филби. Оба симпатизировали коммунизму, оба были завербованы во время гражданской войны в Испании как перспективные агенты. Беер, как и Филби, еще даже не завершив своей карьеры успешного журналиста, сумел проникнуть в самый центр системы безопасности своей страны и стал ценным источником советской разведки.
Однако в отличие от Беера Филби поймать не удалось. В суде Беер признал, что выдумал свое прошлое. Он никогда не получал ученой степени в области истории и никогда не бывал в Испании. Туман еще более сгустился, когда в тюрьме он вдруг отказался от своих показаний, данных во время судебного заседания, и объявил, что его первоначальные показания о фактах биографии соответствуют действительности.
Даже не установив его подлинного имени и прошлого, израильские судьи пришли к выводу, что доказательства шпионской деятельности Беера были неопровержимыми, и суд приговорил его к 15 годам лишения свободы. До самой смерти в тюрьме в 1966 году Беер продолжал утверждать, что он был не шпионом, а настоящим патриотом, мечтавшим видеть Израиль не прозападным, а нейтральным.
Если бы даже Беер никогда не существовал, у американцев все равно было достаточно оснований сомневаться в способности Израиля не допустить проникновения иностранной агентуры в свои службы безопасности. С первого дня существования маленький Израиль был большой целью для советской разведки и огромным ситом, через которое утекали секреты. Советский Союз интересовали стратегическое положение Израиля и его обширные связи с Западом. Агенты разведок коммунистических стран проникали в Израиль под видом восточноевропейских дипломатов, журналистов, членов коммерческих и научных делегаций.
Для реализации этих целей требовалась обширная агентурная сеть. Советы имели в своем посольстве в Тель-Авиве около 60 сотрудников, примерно половина из них были работниками ГРУ и КГБ. Они вербовали агентов из числа израильтян, но, поскольку местные коммунисты находились под подозрением и наблюдением «Шин Бет», советская разведка предпочитала тех, кто не был связан с коммунистами.