В начале 1960 года полученная от Бауэра дополнительная информация позволила установить местонахождение Эйхмана. Бывший нацист жил в Буэнос-Айресе под именем Рикардо Клемента со своей женой и четырьмя сыновьями. Харел информировал Бен-Гуриона, вновь ставшего премьером, и немедленно получил санкцию на похищение Эйхмана и его вывоз в Израиль для предания суду.
Для похищения Эйхмана была сформирована оперативная группа, в которую вошли два десятка работников «Моссада» и «Шин Бет», в том числе одна женщина. Все они были добровольцами, почти все потеряли родственников в Холокосте и ненавидели Эйхмана. Харел специально предупредил их о необходимости сдерживать эмоции. Учитывая исключительную оперативную и политическую остроту операции, «мемунех» сам вылетел в Париж, где был организован передовой командный пост, а затем и в Аргентину, где он лично руководил операцией и нес за нее персональную ответственность.
«Моссад» направил в Европу своего лучшего специалиста по изготовлению фальшивых документов, где он должен был изготовить паспорта и другие документы для всех членов опергруппы, отправлявшихся в Аргентину различными рейсами под именами, которые больше никогда не будут использоваться. Этот «художник» вместе со своими бланками, перьями и печатями сам отправился в Аргентину, чтобы на месте обеспечивать группу, а при удачном исходе операции — и самого Эйхмана необходимыми документами.
В Буэнос-Айресе опергруппа сняла около полудюжины конспиративных квартир, арендовала автомобили для бригады наружного наблюдения. Женщина-оперативник выполняла роль домохозяйки и повара в квартире, где намечалось после похищения укрыть Эйхмана. Честь физического задержания Эйхмана выпала Эйтану, Шалому и их коллеге Петеру (Цви) Малкину. 11 мая 1960 г. они подкараулили Эйхмана у его дома и втолкнули в поджидавшую автомашину. Рикардо Клемент не сопротивлялся и сразу же признался, что является Эйхманом.
Операция была приурочена к официальному визиту в Аргентину израильской делегации, куда на празднование 150-летия республики съехалось много иностранных гостей. Авиалайнер израильской компании «Эль-Аль» прилетел в столицу Аргентины 19 мая и на следующий день должен был возвращаться в Израиль. Позже сам Харел и его соратники признавались, что самым трудным оказалось содержать Эйхмана в ожидании самолета в течение девяти дней на конспиративной квартире, кормить и ухаживать за ним. Израильтяне допрашивали Эйхмана и иногда просто глядели на него с изумлением, как на персонификацию абсолютного зла. Лысый и тщедушный, пользующийся очками для чтения, Эйхман подписал заявление с согласием предстать перед израильским судом.
У оперативных работников мороз прошел по коже, когда Эйхман перешел с немецкой молитвы на иврит и прочел молитву «Шева», с которой в концентрационных лагерях евреи шли в нацистские газовые камеры: «Услышь, о, Израиль, наш Бог, единый Бог».
Харел рассказывает, что Эйхман пытался доказать, что он является «большим другом» евреев, чем привел их в бешенство. Некоторые члены опергруппы уже были готовы забыть приказ и прикончить палача на месте. Эйхман также заявил, что если ему сохранят жизнь, то он раскроет все секреты Гитлера. В ответ Харел пообещал, что в суде у него будет самый лучший адвокат, которого только удастся найти.
Харел проводил немного времени в квартире, где к кровати был прикован Эйхман. Для руководства операцией он организовал то, что можно было назвать «блуждающим штабом». Харел постоянно перемещался из одного кафе в другое, и старшие оперативные работники знали, где его можно найти в данный момент. Так он добился того, что ни в одном кафе его не запомнили.
20 мая, жертвуя безопасностью ради оперативности, он развернул свой штаб прямо в кафетерии аэропорта Эзейза. Рядом с ним за столиком сидел его «писарь», который заполнял и выдавал фальшивые документы, необходимые для безопасного выезда опергруппы из страны.
Тем временем на конспиративной квартире Эйхман и те, кто должен был сопровождать его к самолету, переоделись в форму экипажа компании «Эль-Аль». Врач «Моссада» сделал Эйхману инъекцию транквилизатора, и сонный член «резервного экипажа» не вызвал ни у кого подозрений, когда его провели на борт самолета вместе с почетными гостями во главе с министром образования Израиля Аббой Эбаном, участвовавшими в юбилейных торжествах.
Командир авиалайнера только после взлета узнал о необычном пассажире. В целях безопасности Харел избрал пункт дозаправки самолета в стороне от крупных городов. Но в Дакаре, куда самолет долетел на последних каплях горючего, никто не проявил интереса к пропавшему аргентинцу германского происхождения. Дозаправка прошла нормально, и в 7 часов утра 22 мая самолет доставил самого известного нацистского преступника в Израиль на встречу с еврейским правосудием.