Значительно выросла социальная дифференциация духовенства. Оно разделилось на обладателей приходов или отдельных епархий (священники, епископы, архиепископы), которые обладали значительными доходами благодаря сбору платы с населения за отпущение грехов (так называемые индульгенции),
и нищенствующих монахов, которые зачастую не имели своего собственного прихода и были вынуждены проводить время в скитаниях по чужим землям. Естественно, что такое положение не устраивало многих представителей духовенства, которые пытались вернуть церковь, погрязшую в мирских нуждах, к служению христианской вере. Наиболее известным оказалось Клюнийское движение, получившее свое наименование по названию монастыря Клюни во Франции и постепенно получившее значительно влияние. Начавшись еще в конце X в., оно выступило за отделение церкви от светской власти и возвращение к соблюдению основных христианских заповедей. Симптомом изменений, происходящих не только на уровне отдельных монастырей, но и в самой верхушке католической церкви, стало избрание на папский престол воспитанника Клюнийского монастыря Григория VII (1073–1085), который впервые посмел вступить в открытый конфликт с могущественным императором Священной Римской империи Генрихом VI (1056–1106), отстаивая приоритет духовной власти над властью светской. В 1075 г. собранный Григорием VII Латеранский собор вынес постановление, согласно которому запрещалась продажа церковных должностей, а избрание священников и епископов становилось отныне внутренним делом католической церкви, неподконтрольным светским правителям. Воспользовавшись раздорами среди немецких князей, многие из которых открыто выступили против императора, папе Григорию удалось заставить Генриха VI склонить перед ним свое колено, признав верховенство римского папы. Конечно, борьба между светскими правителями и властителями духовными не была на этом закончена, но значительного успеха папству удалось добиться.Увеличившийся авторитет папской власти и выросшее экономическое могущество католической церкви позволило высшим представителям духовенства реализовать план по распространению своего влияния за пределы Европы, пусть даже насильственным путем. Эпохальным событием как в истории христианской церкви, так и в истории всей средневековой Европы стал 1096 г., поскольку именно в этом году папа Урбан II (1080–1099) на Клермонском соборе провозгласил крестовый поход на «неверных» (мусульман), аргументируя необходимость насильственного захвата Ближнего Востока поиском и сбором сохранившихся христианских реликвий (например, Гроба Господня). Итогом I Крестового похода (1096–1099 гг.) стало освобождение Иерусалима и создание на завоеванных территориях нескольких мелких государств, а также духовно-рыцарских орденов госпитальеров и тамплиеров, которые стали послушными проводниками папской воли в процессе борьбы с иноверными и еретиками. Правда, последующие походы не сумели повторить успех первого, и уже в 1187 г. турки смогли возвратить себе Иерусалим, после чего обо всех захватнических планах в отношении Ближнего Востока можно было говорить только как о ничем не подкрепленных авантюрах. Некоторое исключение составляет IVКрестовый поход (1204 г.), во время которого крестоносцам удалось захватить Константинополь и раздробить Византийскую империю, основав на ее месте Латинскую империю с центром в г. Никее, но и этот успех оказался недолговечным. Уже в 1261 г. власть латинского императора, поддерживаемого католической церковью, оказалась свергнута, а возрожденная Византийская империя вступила в кратковременный период величия, оказавшийся, к сожалению, последним в ее долгой истории.
Период XIII в. стал временем появления в рамках католической церкви нового учреждения, название которого до сих пор сохраняет оттенок загадочности и священного ужаса. Речь идет об инквизиции
(от лат. inquizitio – исследовать, расследовать), существование которой принято датировать 1252 г., когда римский папа Иннокентий IV (1243–1254) официально разрешил использовать пытки в тех судебных делах, где речь шла о нарушении интересов церкви. На протяжении XIII–XVI вв., на которые падает наибольшее количество инквизиционных разбирательств, тысячи людей (в числе которых был и Джордано Бруно) оказались обвинены в ереси и приговорены к мучительной смерти, единственным поводом для чего были признания, выбиваемые с помощью изощренных пыток. Несмотря на то что уже в XVIII в. инквизиция практически прекратила активную деятельность, сосредоточившись не на наказании отступников, а на внесении еретических книг в Index Librorum Prohibitorum (Индекс запрещенных книг), ее фактическое запрещение произошло в начале XIX в., а юридическое упразднение инквизиции последовало только в 1966 г.