На протяжении XVII в. церковь неоднократно претендовала на определенную независимость от царя. Особенно ярко это проявилось при патриархе Филарете (1612–1633), отце царя Михаила Федоровича, и патриархе Никоне (1651–1666), открыто выступавшем за приоритет духовной власти. С экономической точки зрения церковь являлась одним из богатейших землевладельцев: только Троице-Сергиевой лавре принадлежало 20 тыс. крестьянских дворов (хотя ради справедливости надо отметить, что большая часть монастырей, располагавшихся в отдаленных местах и не отмеченных высоким покровительством, имела значительно более скромный достаток). XVIII в. безжалостно рассеял политические и экономические иллюзии. Интересы церкви оказались полностью подчинены государству, причем после смерти Стефана Яворского это подчинение приобрело и административный характер. В 1721 г. указом царя Петра был создан Святейший правительствующий синод, который являлся государственным органом управления церковью. Возглавлял Синод обер-прокурор. Еще один указ, изданный Петром I в 1724 г., значительно ограничивал права монашества: часть монастырей отныне отводилась под лечебницы для больных и увечных солдат.
Изменилось положение старообрядцев. В 1716 г. Петр Заменил преследования и юридическую ответственность, которой подлежали представители старой веры, возможностью освободиться от угнетения путем выплаты значительного штрафа. Однако воспользовались этим разрешением не так уж много старообрядцев, поскольку большая их часть воспринимала указы светской власти как проявления дьявольского искуса и поэтому не желала к ним прислушиваться.
Дальнейшее ограничение религиозной власти было связано с указом Екатерины II от 1764 г., согласно которому все земельные владения церквей переходили в ведение государства, – произошла
Более лояльную позицию православная церковь, вынужденная подчиняться государственной необходимости, заняла по отношению к иноверцам. Многочисленные униаты (сторонники соглашения с католической церковью – Флорентийской унии 1439 г.), проживавшие на территории присоединенной к Российской империи Польши, были избавлены от угнетения на основании религиозной принадлежности. Очередное послабление получили и старообрядцы: правительство и раньше предпочитало смотреть «сквозь пальцы» на деятельность богатейших купеческих фамилий, придерживающихся старого вероисповедания, но теперь принадлежность к старообрядческой вере перестала служить источником государственных преследований.
Официальная формула министра С.С. Уварова – «Православие, Самодержавие, Народность» – узаконила положение Русской православной церкви в сфере государственной идеологии. В отсутствие патриарха главой церкви считался российский император, поэтому и управлял церковью его чиновник– обер-прокурор Синода.
Миссионерская активность по христианизации присоединяемых к Российской империи земель выступала в качестве важного элемента внутриполитической деятельности, поскольку позволяла снизить напряженность в отношениях между присоединенным населением и российской администрацией. Покорение Кавказа, официально завершившееся к 1856 г., стало началом процесса перехода в православную веру отдельных кавказских народов, бывших до этого момента мусульманами. Значительное увеличение числа сторонников православной веры среди народов Кавказа и Восточной Сибири было связано и с тем фактом, что смена вероисповедания давала значительные налоговые льготы.