Несмотря на то что династии Аббасидов удалось установить контроль над столицей халифата, которой в тот момент являлся Дамаск, некоторые области выпали из-под ее контроля: уцелевшие представители династии Омеяйдов укрылись на Пиренейском полуострове, основав Кордовский халифат; Марокко и Египет заняли представители шиитов. Дальнейшее существование халифата свелось к бесконечной борьбе с набегами кочевников и смене династий. Относительная стабильность была достигнута только в 1055 г., когда выходцы из Средней Азии турки-сельджуки захватили Багдад (тогдашнюю столицу халифата), после чего распространили свое влияние на весь Ближний Восток. Представители рода Аббасидов продолжали считаться халифами, выполняя, по сути, лишь религиозные и церемониальные функции, в то время как реальная власть принадлежала сменявшим друг друга иноземным династиям. Тем не менее, несмотря на кризис самого Арабского халифата, постепенное расширение тех земель, на которых официальной религией становился ислам, неуклонно продолжалось. Так, в Испании арабы владели практически всем полуостровом, христианским королевствам оставался лишь самый север и Пиренейские горы. В начале XI в. арабам удалось овладеть Сицилией, сделав этот остров своим форпостом в Средиземном море и перевалочным пунктом для возможного распространения ислама уже на территорию Европы.
Превращение ислама в государственную религию при наличии большого количества политически независимых субъектов стало предпосылкой для возникновения множества течений и сект, причем некоторые из них проникали на самый высокий государственный уровень. История Арабского халифата знала период проникновения течения
Тяжелые испытания выпали на долю ислама в XIII в., что оказалось связано с татаро-монгольским нашествием, разрушившим среднеазиатские мусульманские государства и положившим конец существованию Арабского халифата. Но угроза оказалась временной: поддавшись влиянию религии покоренных земель, монголы уже во второй половине XIII в. приняли мусульманскую веру, а в XIV в. их держава была поколеблена появлением новой силы на азиатском горизонте – Османской империей, которая заставила своих соседей вспомнить завоевательную мощь и религиозный фанатизм первых арабских походов. В то время как другие мусульманские государства постепенно теряют свою значимость (в 1492 г. в руках христиан оказывается Гренада – последний оплот мусульман на Пиренейском полуострове), Османская империя только набирает мощь, пиком ее стал захват в 1453 г. Константинополя, покончивший с Византийской империей. Весь юго-восток Европы оказался в сфере мусульманского влияния, последствия чего проявляются до сих пор (боснийцы и албанцы исповедуют ислам в качестве государственной религии).