Веру Иоанн Скотт считает предпосылкой к знанию, хотя познание Бога невозможно вне Его проявлений. Бог есть «сверх–бытие», «сверх–разум», «сверх–жизнь». Бог присутствует во всем творении, но не сливается с ним: «Он творит все, не переставая в то же время быть выше всего. Таким образом, производит Он все из ничего из своей сверх–сущности». Обладая рационалистическим складом ума, преклоняясь перед разумом, Иоанн Скотт в то же время стоит на пороге, отделяющем рациональное познание от мистического озарения. Разум сам по себе ничто, и только в свете Божественного Слова он может быть принят в качестве руководящего начала. Но что есть Божественное Слово? Прежде всего, это боговдохновенное Священное Писание. С другой стороны, в соответствии с представлениями Церкви того времени, Божественное Слово было неотделимо от авторитета Церкви и ее учителей. Однако разум каждого человека Эриугена рассматривает как первичный по природе, отдавая ему предпочтение перед наследием отцов Церкви. Таким образом, Эриугена выстраивает иерархию постижения смысла: самое высшее — это Священное Писание, затем идут разум и авторитет отцов.
Труды Эриугены ожидала трудная судьба. Работа «О Божественном предопределении» была осуждена поместными соборами IX века. Представления философа о всеприсутствии Бога в мире вызвали обвинения в пантеизме: главная книга Эриугены «О разделении природы» была осуждена поместными соборами XIII века, приговорена к сожжению. Впервые напечатанная в Оксфорде в 1681 году, она она была тут же помещена в «Индекс запрещенных книг». Хотя элементы пантеизма действительно сильны в произведениях Эриугены, и через них проникли не только в средневековую, но в ренессансную и даже современную мысль, его синтез теологии и неоплатонических идей явился важной вехой в развитии западноевропейской философии.
При всех видимых достижениях Карла его замыслы по созданию просвещенной и счастливой христианской империи не удались, более того, привели к довольно печальным результатам. Когда император распространил свою власть на Италию, римский престол, избежав таким образом византийского диктата, попал под диктат германский. Отводя папе римскому почетное место, Карл гораздо выше ставил самого себя. Подобно византийским императорам, он полагал возможным давать Церкви указания по догматическим вопросам. Когда же в 800 году папа Лев III возложил на него, тогда еще короля, императорскую корону, Карл фактически стал диктатором в создаваемом им «Граде Божием», а папы — лишь игрушками в замыслах императора. Объявляя христианство государственным законом, Карл ввел наказание за его нарушение. Вследствие этого западное христианство, подобно византийскому, стало чисто внешним, легко управляемым атрибутом государственной власти.
Неудивительно, что подобное христианство не стало внутренним религиозным стержнем империи. После смерти Карла Великого она стала приходить в упадок. Уже в 817 году сын Карла Великого, Людовик Благочестивый, разделил империю между тремя сыновьями, оставив за собой лишь верховную власть. Междоусобные распри внуков Карла Великого привели к новому разделу империи в 843 году (так наз. Верденский договор). На образовавшихся территориях начали складываться будущие крупнейшие европейские государства — Франция, Италия и Германия.
С распадом империи Карла Великого папское государство в начале получило некоторые преимущества. Обладая к тому времени определенным влиянием, а также избавившись от диктата всесильного императора, оно стало самостоятельной политической единицей на международной арене. На какой–то период Рим сам начал диктовать военно–политические решения европейским правителям. Однако такое положение продлилось недолго.
Развал империи Каролингов вверг Европу в состояние феодального раздробления и упадка. Появились десятки независимых королевств, которые все более обособлялись и вели между собой непрерывные войны. Вдобавок, Европа непрерывно подвергалась нападениям норманнов, что мешало наладить торгово–экономическую жизнь.
На Риме, который мыслил себя силой политической, такая ситуация отразилась крайне болезненно. Если раньше Карл диктовал свою волю папе, но одновременно и обеспечивал римскому престолу защиту, считая его важным инструментом своей политики, то теперь папское государство оказалось предоставленным самому себе. Священный престол стал местом столкновения интересов феодалов в борьбе за власть и влияние. Это привело к резкому падению нравов высшего духовенства, усилению коррупции. О нравах, царящих в Риме, рассказывали самые чудовищные истории. Епископы, архиепископы, аббаты, подражая светским феодалам, командовали войсками, охотились, жили в роскоши и разврате. Опять широко распространилась симония: стала возможной покупка не только кардинальского, но и папского сана. За 150 лет на престоле св.Петра перебывало 50 наместников.