По возвращении на родину Варрон вступил в гражданскую службу и занимал общественные должности: был народным трибуном и эдилом. В 76 г. до н. э., когда Помпей готовился к походу в Испанию, Варрон, по его просьбе, составил ему нечто вроде путеводителя по этой стране. Здесь, таким образом, мы впервые встречаем Варрона в роли ученого-естествоведа. В другой раз, в 70 г., когда Помпей был консулом, Варрон составил для него трактат о консульских обязанностях. Это свидетельствует о довольно коротких отношениях между ними. В 67 г. Помпей для борьбы с морскими разбойниками разделил Средиземное море на 13 участков с легатом во главе каждого из них; одним из таких легатов был и Варрон: он должен был оберегать Ионическое море. Как любознательный человек, он воспользовался этой должностью для расширения своих сведений. Находясь в Эпире, он посетил те места, которые упоминаются в сказаниях об Энее. Там же он интересовался состоянием скотоводства и для этой цели входил в сношения с владельцами больших стад. Война с пиратами окончилась полным их поражением, и Варрон за свою распорядительность. получил в награду corona rostrata — венок, украшенный золотыми изображениями корабельных носов; эта награда давалась тому, кто первым всходил в полном вооружении на неприятельский корабль, или тому, при чьем содействии он был взят.
В 66 г. Помпею было дано новое назначение — вести войну с Митридатом Понтийским и армянским царем Тиграном. Судя по некоторым данным, Варрон сопровождал Помпея в этом походе.
О дальнейших обстоятельствах жизни и деятельности Варрона в течение нескольких лет у нас нет сведений. В 60 г., когда состоялся первый триумвират между Помпеем, Цезарем и Юрассом, Варрон написал на триумвиров сатиру под заглавием Τρικάρανος "Трехголовый". Но, по-видимому, имя автора осталось неизвестным, так как Варрон и после этого был в дружбе и с Цезарем и с Помпеем.
В 58 г. Варрон выступает перед Помпеем в роли защитника Цицерона. Цицерон находился тогда в изгнании и писал письма к разным лицам, прося их похлопотать перед Цезарем и Помпеем о возвращении его из ссылки. Тит Помпоний Аттик, принимавший большое участие в судьбе Цицерона, обратился за помощью к Варрону, зная его хорошие отношения с Помпеем. Варрон взялся за это дело и, по-видимому, выполнил его довольно успешно. Поэтому в письмах Цицерона не раз встречается упоминание о Варроне как полезном заступнике. Но между Варроном и Цицероном отношения не были особенно близкими: Варрон хлопотал о нем не столько из расположения к нему, сколько по дружбе к Аттику.
В 49 г. до н. э. началась гражданская война между Помпеем и Цезарем. Помпей, которому еще в 55 г. была назначена провинцией Испания, перевел туда свои италийские легионы и поставил во главе их трех своих легатов, из которых одним был Варрон. Победителем в этой войне оказался Цезарь. Варрон, в распоряжении которого остался в конце концов только один легион, был вынужден покориться Цезарю. Таков был конец военной и вообще политической карьеры Варрона. Никаких дальнейших известий о его политической деятельности не имеется.
Сойдя с политической сцены, Варрон занялся научно-литературной деятельностью. Впоследствии он помирился с Цезарем, который будучи сам литератором, лучше других понимал значение Варрона-ученого. Когда Цезарь задумал открыть библиотеки для публики, он поручил устройство этого дела именно Варрону.
Смерть Цезаря принесла много горя Варрону. Антоний завладел одним из его поместий; но это было лишь началом бедствий, посыпавшихся на голову Варрона. После образования второго триумвирата в 43 г. Варрон как явный враг единодержавия и сторонник сенатской партии попал в список проскриптов. Ему удалось бежать из Рима, но его имущество было конфисковано, виллы разграблены; при этом довольно много его сочинений пропало безвозвратно.
В изгнании Варрон, по-видимому, жил недолго. В 38 г. Асиний Поллион, друг и сподвижник Октавиана, выстроил в Риме великолепную библиотеку и украсил ее бюстами писателей; был поставлен и бюст Варрона.
О дальнейшей жизни Варрона у нас имеются лишь отрывочные сведения. Он дожил почти до 100 лет и до конца сохранил бодрость духа и физические силы. На 81 году он писал сочинение о земледелии, которое свидетельствует о громадных сведениях и памяти автора. На 84 году он писал предисловие к своим "Портретам" (Imagines), а на 88 — какое-то сочинение, относившееся к области медицины.
Умер Варрон в 28 г. до н. э. Согласно его завещанию, его похоронили по пифагорейскому обычаю — в листьях мирта, оливы и черного тополя.
Круг его знакомств был очень обширен: весь цвет тогдашнего образованного римского общества был более или менее известен ему.