Однако они столкнулись с ожесточенным сопротивлением не привыкших к государственному контролю финансово-промышленных групп, прежде всего сырьевых. Против молодых реформаторов была начата информационная война, которую вели подконтрольные крупному капиталу телеканалы ОРТ и НТВ. Авторитету правительства Кириенко мешала его непоследовательность в противостоянии олигархам: выступая за наведение порядка и равноправие коммерческих организаций во взаимодействии с правительством, молодые реформаторы сохраняли более тесные отношения со «своими» финансово-промышленными группами. Новое правительство столкнулось с обострением проблем, накопленных правительством Черномырдина, связанных прежде всего с задолженностями государства перед работниками промышленности и кредиторами. В мае 1998 г. шахтеры перекрыли железнодорожные пути и парализовали движение транспорта. После напряженных переговоров удалось достичь взаимоприемлемого соглашения с профсоюзами.
В условиях стремительно нараставших внутренних и внешних долгов правительство Кириенко разработало план преобразования ГКО в долгосрочные обязательства. Этот план начал осуществляться 17 августа 1998 г. одновременно с дефолтом, что привело к гораздо более резкому падению рубля, чем планировалось. В этих условиях Ельцин отправил правительство Кириенко в отставку и вернул к власти Черномырдина. Президент надеялся, что это стабилизирует ситуацию, но правительственная чехарда только обострила кризис и не позволила завершить запланированные командой Кириенко действия. Рубль оказался в состоянии свободного падения. Страну охватил острый финансовый кризис, банковская система была парализована, рубль обесценился в три раза. Это привело к скачку цен и дальнейшему обнищанию населения, в том числе и относительно обеспеченных средних слоев, которые хранили средства в разорившихся банках. Финансовая олигархия понесла большие убытки и ослабла. Стало выгоднее вкладывать средства в производство, чем в рискованные финансовые операции. В условиях удорожания доллара себестоимость российской продукции понизилась, что улучшило ее позиции на рынке. После того как финансовая буря улеглась и рубль стабилизировался на низкой отметке, российское производство стало расти. В 1999–2008 гг. в России наблюдался экономический рост.
Во время второго срока правления Ельцина более самостоятельной стала внешняя политика России. Наша страна выступала против расширения блока НАТО на восток, что создавало угрозу нового раздела Европы и военной конфронтации на границах НАТО. В 1997 г. отношения между Россией и НАТО в связи с расширением блока на восток были урегулированы в специальном основополагающем акте «Россия — НАТО».
В 1999 г. Россия решительно выступила против агрессии НАТО на Балканах. Когда в марте 1999 г. НАТО начало бомбардировки Югославии, премьер-министр России Е. М. Примаков прервал визит в США, приказав развернуть свой самолет над Атлантикой. Благодаря посредническим усилиям России бомбардировки удалось прекратить. НАТО попыталось воспрепятствовать самостоятельному участию России в миротворческой миссии в югославском крае Косово, из-за которого разгорелся конфликт. Тогда российские десантники оперативнее войск НАТО заняли аэропорт в столице края Приштине, что заставило руководителей НАТО пойти на уступки. Присутствие России на Балканах до 2003 г. позволяло надежнее защищать интересы сербского населения, подвергавшегося преследованиям со стороны албанских экстремистов. В результате этих событий вырос авторитет России в мире и президента России — в стране.
Улучшились и отношения с Китаем, что позволило в 1996–1997 гг. урегулировать давние пограничные споры.
Проблема преемственности власти.
Финансовый кризис 1998 г. привел к новой перегруппировке политических сил. Государственная дума не утвердила на должность премьер-министра кандидатуру В. С. Черномырдина, который нес часть ответственности за назревание кризиса 1998 г. В результате компромисса между политическими силами 11 сентября 1998 г. премьер-министром был назначен министр иностранных дел Е. М. Примаков. Ситуация постепенно стабилизировалась. Однако консервативный курс Примакова не устраивал Ельцина, и 12 мая 1999 г. он заменил этого председателя правительства бывшим министром внутренних дел С. В. Степашиным. 9 августа 1999 г. и он был заменен бывшим руководителем Федеральной службы безопасности и секретарем Совета безопасности В. В. Путиным, которого Ельцин прямо назвал своим преемником.