Противоречия левых эсеров и большевиков резко обострились в мае — июне 1918 г., после принятия декретов о продовольственной диктатуре и комбедах. Левые эсеры были против диктатуры в продовольственном деле, а идее его централизации Наркомпродом противопоставляли децентрализацию, предлагая передать осуществление продовольственной политики местным Советам. Эсеры были против развязывания гражданской войны в деревне. Лидеров партии смущало, что в официальных документах фигурировали не только «кулаки» и «деревенская буржуазия», но и «держатели хлеба». Они не без оснований опасались, что декреты ударят не только по кулаку, против чего никто не возражал, но и по среднему, мелкому крестьянству: документ обязывал каждого «владельца хлеба» сдать его, а «всех, имеющих излишек хлеба и не вывозящих его на ссыпные пункты», объявлял «врагами народа». Левые эсеры негативно отнеслись и к созданию комбедов, называя их «комитетами лодырей».
Откровенно негативным к правлению большевиков было отношение правых эсеров и меньшевиков. Они считали необходимым восстановить в правах Учредительное собрание, осуждали подписание Брест-Литовского мирного договора, выступали против проводившейся большевиками экономической политики. Оставаясь до лета 1918 г. легальными оппозиционерами, эти партии использовали социально-экономические трудности и ошибки новой власти для укрепления своих позиций. Большим успехом оппозиционные социалистические партии пользовались среди участников так называемого «движения уполномоченных». В нем участвовали выборные представители предприятий, на которых коллективы возложили защиту своих экономических и политических интересов перед властями. Сторонники движения дистанцировались как от традиционных профсоюзов, так и от государственных органов управления. Движение зародилось в Петрограде, затем распространилось на Центральный промышленный район. Летом 1918 г. предполагалось созвать Всероссийскую конференцию уполномоченных, но большевики арестовали активистов движения и не позволили реализовать задуманное.
Обобщающим показателем снижения популярности большевиков после нескольких месяцев пребывания у власти были итоги перевыборов Советов в апреле — мае 1918 г. Во многих местных Советах в крупных городах меньшевики и эсеры одержали победу. Они превзошли большевиков в Костроме, Рязани, Твери, Ярославле, Туле, Орле, Воронеже, Тамбове, Вологде и других городах. Однако ленинцы не признали своего поражения и в большинстве случаев новоизбранные Советы были разогнаны.
Учитывая нарастание осложнений в отношениях со своими социалистическими противниками, большевики перешли в наступление. 14 июня 1918 г. голосами большевистской фракции (левые эсеры воздержались) из ВЦИК были исключены меньшевики и эсеры, что было фактическим переворотом, ибо сделать это имел право только съезд. Вслед за ними была решена участь и партии левых эсеров, которая к лету 1918 г. оставалась самой массовой (в ее состав входило не менее 300 тыс. человек). Руководство левых эсеров попыталось добиться перемен большевистской политики на V Всероссийском съезде Советов (работал 4–10 июля 1918 г. в Москве). Однако располагавшим на съезде 30% голосов делегатов левым эсерам сделать этого не удалось. Тогда они прибегли к популярной в их партии форме давления — политическому террору. Эту позицию поддержал ЦК партии.
6 июля левый эсер Я. Г. Блюмкин застрелил германского посла Мир-баха. Эта акция не была антисоветским мятежом. «Единственная цель июльского восстания, — вспоминал впоследствии один из его участников, — сорвать контрреволюционный Брестский мир и выхватить из рук большевиков партийную диктатуру, заменив ее подлинной Советской властью». Однако выступление было плохо подготовлено организационно и не имело четкого плана. Лишь вечером 6 июля, задним числом, левоэсеровский ЦК одобрил шаг Блюмкина. Сам он после теракта укрылся в отряде ВЧК, которым командовал левый эсер Д. И. Попов. Явившийся туда с требованием выдать виновников Дзержинский был задержан, а вслед за ним изолированы еще около 30 коммунистов. По телеграфу в различные города были разосланы телеграммы с призывом к восстанию против германского империализма.
Произошедшее большевики использовали как повод для разгрома оппозиции. Изолирована была фракция левых эсеров на V съезде, а ее лидер М. А. Спиридонова стала заложницей. В ночь на 7 июля 4 тыс. верных большевикам латышских стрелков привели к повиновению отряд Попова, который насчитывал 600 человек. 12 участников выступления во главе с заместителем Дзержинского В. А. Александровичем были расстреляны. Эхом московских событий стало выступление в Симбирске командующего Восточным фронтом левого эсера М. А. Муравьева, которое также было подавлено.