При обсуждении национальных проблем на съезде Бухарин посчитал нужным открыто признать неравноправное положение русского народа. «Мы, — говорил он, — в качестве бывшей великодержавной нации должны... поставить себя в неравное положение в смысле еще больших уступок национальным течениям. Только... этой ценой мы сможем купить себе настоящее доверие прежде угнетенных наций». По сути, именно эту цель преследовала резолюция съезда по национальному вопросу, закреплявшая в развернутом виде известное ленинское положение об «интернационализме большой нации».
Представители «независимцев» на съезде вновь пытались провести предложение о реорганизации СССР в пользу своих республик. Раков-ский прямо заявил, что «союзное строительство пошло неправильным путем... Нужно отнять от союзных комиссариатов девять десятых их прав и передать их национальным республикам». Фрунзе предлагал «превратить ряд новых республик в независимые». Предлагалось закрепить отход от русского великодержавничества переименованием РКП(б) в КПСС. Н. А. Скрыпник утверждал: «Только тот, кто в душе великодержавен, только тот может цепляться за старое название». Однако предложения были отвергнуты.
Не получила поддержки съезда и атака на принципы построения СССР, предпринятая Султан-Галиевым. Он считал, что доклад Сталина «не разрешает национального вопроса» в силу своей нелогичности и неясности исходных позиций. В частности, обращалось внимание на отсутствие определения того, какие национальности «доросли» до предоставления им автономий, а какие нет. Он удивлялся нападкам на грузинских уклонистов за их несогласие на образование Закавказской Федерации и в то же время отсутствию законных оснований для объединения в федерации родственных народов Северного Кавказа, народов Поволжья, народов Средней Азии.
Однако делегаты съезда не стали углубляться в разбирательство нелогичностей, целиком полагаясь на способность руководства партии обеспечивать должную централизацию Союза ССР. В разъяснениях Троцкого на съезде это прозвучало следующим образом: «Национальность вообще не логичное явление, ее трудно перевести на юридический язык», поэтому необходимо, чтобы над аппаратом, регулирующим национальные отношения, «стояла в качестве хорошего суфлера партия... Если будут очень острые конфликты по вопросу о финансах и т. д., то, в конце концов, в качестве суперарбитра будет выступать партия».
Все это целиком соответствовало установке VIII съезда партии (март 1919 г.) на то, что существование особых советских республик «отнюдь не значит, что РКП должна, в свою очередь, сорганизоваться на основе федерации... Все решения РКП и ее руководящих учреждений безусловно обязательны для всех частей партии, независимо от национального их состава. Центральные комитеты украинских, латышских, литовских коммунистов пользуются правами областных комитетов партии и целиком подчинены ЦК РКП». Как показали дальнейшие события, унитаризм конфедеративного СССР (по признаку свободы выхода республик из союза) определялся особой, по сути диктаторской ролью в государстве коммунистической партии и ее лидеров.
Централизаторская роль партии проявилась уже вскоре после завершения съезда и выразилась в дальнейшем оттеснении от власти наиболее влиятельных «национал-уклонистов», в ряде случаев оказавшихся невольными пособниками «великорусского национализма». Так, обвиненный в связях с антисоветскими кругами Султан-Галиев был снят со всех постов, исключен из партии и вскоре арестован.
Султан-Галиев, опровергая обвинения, объяснял, что призывал сторонников активнее выступать с изложением позиций по проблемам национальных отношений лишь с тем, чтобы убедить руководство страны в целесообразности создания Туркестанской федерации (представлялась как фактор, способствующий ускоренному развитию производительных сил региона и пробуждению революционной активности трудящихся зарубежного Востока), независимой Республики Туран (объединение тюркских территорий Киргизии, Кашгарии, Хивы, Бухары, Афганистана и Персии), организации «Колониального Интернационала». Позднее Султан-Галиев писал о возможности создания на Востоке четырех федераций, которые должны быть включены в Советский Союз «на равных совершенно с Украиной правах»: Федерации Урало-Волжских республик (Башкирии, Татарии, Чувашии), Марийской и Вотской областей; Общекавказской федерации с включением всех нацреспублик Закавказья, Северного Кавказа, Дагестана, Калмыкии и Кубано-Черноморья в целом; Казахстана как союзной единицы; Среднеазиатской, или собственно Туранской, республики в составе Узбекистана, Туркмении, Киргизии и Таджикистана.