Действительно, молодой царь с особым рвением предавался заботам об устроении войска; он деятельно продолжал начинания своего отца по введению европейского военного искусства. Для обучения русских полков в значительном количестве вызывались в Москву инструкторы из чужих земель. Например, в 1646 году послан был стольник Илья Данилович Милославский (потом тесть государя) чрез Архангельск в Голландию для найма железных дел мастеров и опытных в солдатском строе капитанов с двумя десятками хорошо обученных солдат; последние должны были помогать иностранным офицерам в обучении русских ратников. А в следующем, 1647 году отпечатан был переведенный с немецкого строевой устав под заглавием «Учение и хитрость ратнаго строения пехотных людей» – впрочем, устав и в Европе уже довольно устарелый для того времени, то есть после улучшений, введенных Густавом Адольфом. Название солдат усвоено было пехотным полкам, устроенным по-европейски и набиравшимся по преимуществу из даточных крестьян. Конные полки, набиравшиеся из детей боярских, новокрещенов, казаков и всяких вольных охочих людей, носили общее название рейтар; некоторая часть их обучалась драгунскому строю; а те, которые были вооружены копьями, составляли гусарский строй. Хотя эти пешие и конные полки только в известное время собирались и учились новому строю и хотя рядом с ними продолжали существовать разного рода прежние ополчения, однако военные силы Московского государства заметно развивались и делались грозны для его соседей.
По мере того как события на Украине принимали более острый характер и московское правительство предвидело свое близкое вмешательство, усилились его военные приготовления и участились царские смотры. Так, по дворцовым записям, в марте 1653 года велено было всем стольникам, стряпчим, московским дворянам и жильцам (т. е. собственному государеву двору или полку) съезжаться в столицу к 1 мая на царский смотр «со всею их службою, то есть на конях, в полном вооружении и с известным количеством вооруженных слуг. Этот смотр начался 13 июня на Девичьем поле и продолжался до 28-го числа; после чего «всяких чинов служилые люди» были расписаны и распределены на известные части. 5 февраля следующего года царица родила сына, нареченного также Алексеем; крестил его в Успенском соборе патриарх Никон; восприемницей была царевна Ирина Михайловна, а кумом троицкий архимандрит Адриан. 14-го числа объявили, что государь повелел идти на польского короля за его многие неправды и клятвопреступления, и велено собираться служилым людям Государева полку в Москву к 1 мая. 27 февраля Алексей Михайлович торжественно отпустил из Москвы с Болота (площадь за Москвой-рекой) тяжелый наряд или артиллерию, которая должна была дожидаться его в Вязьме. При наряде состояли боярин Федор Борисович Далматов-Карпов и князь Петр Иванович Щетинин. В марте царь ездил на Девичье поле смотреть рейтарское и солдатское ученье, причем в его свите находились посланники гетмана Хмельницкого.
Наступило время с оружием в руках отстаивать свои права на Малую Русь, и московские войска уже двигались к назначенным пунктам.
26 апреля 1654 года, в майский день, происходил торжественный отпуск той рати, которая должна была частями идти на Брянск, там собраться, устроиться и затем двинуться на польско-литовский рубеж. Этой ратью начальствовал старый уважаемый воевода князь Алексей Никитич Трубецкой, а в товарищах у него были князья Григорий Семенович Куракин и Юрий Алексеевич Долгоруков. В Успенском соборе литургию совершал патриарх Никон. После молебна бояре и воеводы приняли от него благословение и приложились к образам и мощам. Патриарх взял из царских рук воеводский наказ, положил его в киот Владимирской Богородицы на пелену и, сказав краткое наставительное слово, вручил наказ князю Трубецкому. Государь позвал всех военачальников к своему столу. Тут он обратился к ним с увещанием соблюдать заповеди Божии, наблюдать правду, врагов Божиих и царских не щадить, а войско свое любить и беречь, между собой быть в любви и совете и так далее. После стола царь жаловал из собственных рук водкой и медом не только бояр и воевод, но и простых дворян и детей боярских и увещевал крепко стоять против врагов за их гонение на православную веру и за обиды Московскому государству; причем возвестил, что и сам он вскоре за ними отправится в поход и готов вместе с ними проливать свою кровь. Растроганные ратники клялись не щадить своих голов. При отпуске бояре и воеводы подходили к царской руке. Первый подошел князь Трубецкой; государь взял его седую голову и прижал к своей груди; воевода заплакал от умиления и несколько раз поклонился в землю. Между прочим, благочестивый царь заповедал на первой неделе Петрова поста всем «обновиться» покаянием и святым причащением.