Ельцин начал подбирать себе преемника еще в начале 1999 года и после рассмотрения нескольких кандидатур остановил свой выбор на Владимире Путине, тогдашнем главе ФСБ. Говорят, что на первое предложение Ельцина Путин ответил, что пока не готов к такому решению. Оно и понятно – в наследство новому президенту оставались все проблемы, накопленные за последнее десятилетие: экономическая нестабильность, государственный долг, хронический дефицит бюджета, война в Чечне, практически полная утрата авторитета на международной арене.
В августе 2000 года затонула атомная подлодка «Курск». Операция по спасению началась с опозданием, а правительство поначалу отказывалось принять помощь западных стран. Погибли 118 матросов и офицеров. На вопрос в прямом эфире, что же случилось с подводной лодкой, Путин ответил: «Она утонула».
Проблемы в Чечне начались еще в начале 1990-х годов, когда она присоединилась к параду суверенитетов и объявила о своей независимости, формально продолжая оставаться в составе России и получая деньги из госбюджета. С приходом к власти Джохара Дудаева криминальная обстановка в республике резко ухудшилась. Возродилась позабытая с XIX века «набеговая экономика» – чеченские боевики занимались захватом заложников и работорговлей. Через республику проходили каналы торговли наркотиками.
Первая чеченская кампания закончилась неудачей. Полностью истребить боевиков не удавалось, российское общество все активнее выступало против продолжения войны. В 1996 году по Хасавюртовским соглашениям о перемирии российские войска покинули Чечню, а решение вопроса о статусе республики было отложено до 31 декабря 2001 года.
Но желанный мир наступил ненадолго. В августе 1999 года исламские боевики вторглись в Дагестан, а в начале сентября прогремели взрывы жилых домов в Буйнакске, Москве и Волгодонске. В ответ началась новая контртеррористическая операция на территории Чечни, которая завершилась разгромом боевиков к марту 2000 года. Но проблему терроризма это не решило. Акции боевиков на территории России продолжались до 2004 года, а режим КТО в Чечне был отменен лишь в 2009 году.
Первая операция по наведению конституционного порядка в Чечне проходила в 1994–1996 годах. Российская армия выступала на стороне оппозиции против правительства Джохара Дудаева. Жертвами той войны стали сотни военнослужащих и десятки тысяч мирных жителей.
26 марта 2000 года Владимир Путин победил в первом туре президентских выборов, набрав 52,94 % голосов. Одним из первых его указов было изменение порядка формирования Совета Федерации – теперь в нем заседали не главы регионов, а назначенные представители. Из глав регионов Путин сформировал новый орган – Государственный совет. На выборах в Государственную думу в 2003 году большинство голосов получила президентская партия «Единая Россия», после чего принятие законов пошло как по маслу.
Главным экономическим достижением Путина эксперты признают налоговую реформу. Благодаря снижению налоговых ставок снизилась доля «черных» зарплат и других теневых доходов, в бюджет стало поступать больше средств. Изменились ставки экспортных пошлин, был введен налог на добычу полезных ископаемых. Деньги от нефтегазового сектора стали еще одним источником пополнения бюджета.
К началу 2004 года был сформирован Стабилизационный фонд. Страна постепенно выбиралась из финансовой ямы. С 1 июля 2006 года рубль стал свободно конвертируемой валютой. Благодаря государственным программам улучшилась ситуация в образовании и медицине.