Как митрополит Иов Борецкий, так и новопоставленный архимандрит Петр Могила вначале благосклонно относились к идеям Смотрицкого о некотором примирении и сближении страдающей от неустройств и притеснений православной Западнорусской церкви с Латинской. Но когда они ознакомились с его Апологией и ясно увидали, что он коварным образом ведет дело к ненавистной унии, то изменили свое к нему отношение. Смотрицкий, прибыв на Киевский собор, хотел остановиться в Печерской лавре, где и происходил самый собор, но не был принят ее архимандритом и остановился в митрополичьем Михайловском монастыре. Сюда явились к нему посланные от собора четыре священника, с протопопом Андреем Мужиловским во главе, и спросили: намерен ли он держаться своей Апологии, которую собор уже осудил как противную святой вере? Мелетий дал уклончивые ответы и даже пытался защищать свою Апологию. Меж тем народ, и особенно казаки, стал собираться около монастыря и выказывать неприязненные чувства; они не скрывали своего намерения не только изгнать Смотрицкого из обители, но и накормить им днепровских осетров. Ввиду такой опасности он оробел и написал митрополиту просьбу о допущении его на собор, изъявляя готовность прекратить дальнейшее печатание Апологии. Но у него потребовали торжественного от нее отречения и публичного покаяния. После разных уверток Смотрицкий явился в Печерский монастырь и принужден был подписать акт отречения от своей Апологии, на котором в особенности настаивал Петр Могила. На следующий день в праздник Успения этот акт во время литургии был торжественно прочитан с амвона, а Мелетий словесно выразил свое раскаяние. Затем собравшиеся владыки предали Апологию анафеме, некоторые листы ее разорвали, бросали на пол, топтали ногами и частью жгли; после чего бывшие в их руках свечи погасили. Только теперь Смотрицкий был допущен к соборным совещаниям. Но, как и следовало ожидать, подобное отречение и анафематствование не обратили Мелетия на путь истинный. После собора Смотрицкий уехал в свой Дер-манский монастырь и тотчас сбросил с себя маску. Он написал «Протестацию против Киевского собора», в которой заявил о полном согласии со своей Апологией, прибавив, что отречение от нее было вынуждено у него насильственно, а потому и недействительно. Теперь Смотрицкий окончательно порвал связи с православными и писал горячие полемические брошюры в защиту латино-униатов до самой своей смерти (последовавшей в 1633 г.).
На Киевском соборе 1628 года, между прочим, был установлен ряд духовной цензуры, то есть запрет православным людям издавать сочинения о церковных вопросах без рассмотрения и одобрения духовных властей. Вообще этот собор обманул надежды латино-униатов: с помощью Смотрицкого привести православных к примирению и соглашению с унией. Ту же попытку Велямин Рутский и его партия, с разрешения и одобрения короля, возобновили в следующем, 1629 году на соборах, новом Киевском и Львовском, но опять безуспешно. Таким образом, православная и униатская иерархии окончательно разделились в Западнорусской церкви.
Последующая за сим эпоха в истории этой церкви отмечена просветительной деятельностью Петра Могилы.