С возвращением Филарета Никитича из плена произошла большая перемена в московской правительственной сфере. Почувствовалась опытная, твердая рука; боярскому самовластью мало-помалу положен предел; преобладавшее и не всегда благое влияние великой старицы Марфы на своего сына уступило место исключительному влиянию отца, облеченного высшим духовным саном. На государственных грамотах нередко стоят рядом два имени: «Государь царь и великий князь Михаил Федорович всея Руси с отцом своим с великим государем святейшим патриархом Филаретом Никитичем Московским и всея Русии».
Некоторые неправильно решенные дела были подвергнуты пересмотру. Так, одним из первых распоряжений патриарха Филарета была отмена соборного приговора по отношению к архимандриту Дионисию и его товарищам. Филарет воспользовался пребыванием в Москве иерусалимского патриарха Феофана и обратился к нему с вопросом: есть ли в греческих книгах при молитве водоосвящения прибавка «и огнем». Феофан отвечал отрицательно. Тогда вопрос был вновь предложен на обсуждение духовного собора; причем Дионисию предоставлена свобода обличать своих противников. Его освободили и возвратили на Троицкую архимандрию (1620 г.). Для вящего убеждения сомневающихся Филарет просил отъезжающего Феофана поговорить об этом вопросе с другими восточными патриархами и справиться в старых греческих служебниках. Феофан исполнил сию просьбу и вместе с патриархом Александрийским Герасимом прислал в Москву грамоты, в которых они подтверждали отсутствие в греческих книгах слов «и огнем». Тогда (в 1625 г.) Филарет разослал указ о том, чтобы церковные власти в печатных Потребниках означенные слова замазали чернилами.
Особенное внимание обратил патриарх на дело о ссылке нареченной государевой невесты девицы Хлоповой. Немедля по возвращении Филарета она была переведена со своими родственниками из Тобольска в Верхотурье, а в следующем, 1620 году ее переселили в Нижний, то есть еще ближе к Москве. Но с пересмотром дела о ней патриарх не спешил, потому что имел в это время другие планы насчет женитьбы своего сына.
Как основатель новой русской династии, естественно, Филарет желал придать ей блеска родственным союзом с каким-либо владетельным европейским домом. И вот началось искание невесты для Михаила Федоровича по заграничным дворам. Сначала послали одного московского немца в Дрезден, где он тайно, но безуспешно разведывал о саксонских принцессах. Потом, узнав, что у короля Датского Христиана IV есть две племянницы-девицы, принцессы Шлезвиг-Голштинские, снарядили в 1622 году в Копенгаген посольство с князем Алексеем Львовым и дьяком Жданом Шиповым. Снабженные подробным наказом, что говорить и как поступать, послы обратились к Христиану IV со сватовством старшей его племянницы Доротеи. После многих переговоров с королевскими советниками они наконец получили отказ под тем предлогом, что Доротея уже сговорена за одного немецкого принца. Тогда немедля, в том же 1622 году, московское правительство послало гонца к шведскому королю Густаву Адольфу сватать его свояченицу Екатерину, дочь маркграфа Бранденбургского. Долго тянулись и эти переговоры; но также кончились ничем, потому что со стороны невесты предъявлены были условия: во-первых, оставить ей и ее свите свободное отправление евангелического исповедания, а во-вторых, назначить ей в пожизненное владение особые города и земли. На такие условия московское правительство не могло согласиться, а особенно на первое. Иноземная принцесса, хотя бы и христианка, не только должна была принять православие, но и вновь креститься. (Постановление, чтобы иноверцы, переходящие в православие, подвергались перекрещиванию, было подтверждено на Московском духовном соборе 1620 г.) Кроме весьма затруднительного пункта о перемене исповедания, на неудачи сватовства за границей влияло еще и то обстоятельство, что старые европейские владетельные дома пока недоверчиво относились к прочности новой русской династии, имея перед глазами недавние бури Смутного времени.