Для периода расцвета Новгорода характерна специфическая форма государственности — вечевая боярская республика. В соперничестве с княжеской властью в Новгороде получили преобладание республиканские институты — вече и посадничество, восходившие к древнейшим институтам власти родоплеменного общества (народное собрание и родоплеменные старейшины). В период политической раздробленности доминирующие позиции во всех властных органах занимали бояре. Их могущество основывалось на землевладении, носившем первоначально не вотчинный (боярские вотчины — частные земельные владения — появляются на Руси с начала XII в.), а корпоративный характер. В отличие от других центров княжеской власти, где сбор налогов-даней осуществлялся князем и его дружиной, в Новгороде с его системой погостов сборщиками дани становились не дружинники князя, а представители верхушки города, получившие наименование «бояре». Формирование огромных боярских земельных владений в XII—XIV вв. путем расхищения общинных земель стало следствием успехов бояр в их борьбе с княжеской властью. Другими важными источниками доходов новгородского боярства являлась крупная международная торговля и ростовщичество.
Высшим властным органом Господина Великого Новгорода («Великим» Новгород стал в конце XIV в. в условиях усилившегося соперничества с Московским княжеством) было народное собрание — вече. В нем могли участвовать все свободные горожане. Их волеизъявление в конечном счете вело к избранию или смещению высших должностных лиц, санкционировало расправу над ними, изменяло законодательство, являлось ключевым для принятия решений по вопросам войны и мира и др. Фактически на новгородском вече проводили свои решения наиболее мощные боярские кланы, соперничавшие между собой. Вече в Новгороде, в городских стенах которого была сосредоточена вся аристократическая верхушка «республики», являлось институтом боярского олигархического правления.
Высшим должностным лицом в Новгородской земле был посадник. Он мог председательствовать на вече и руководить его работой, играл роль посредника между Новгородом и князем, вместе с ним вершил суд. Посадничество являлось главным институтом власти боярских кланов, поэтому постоянно шла острая борьба за обладание этой должностью. Новгородское боярство в период самостоятельности «республики» оставалось довольно замкнутым сословием: за 80 лет (с 1175 по 1255 г.) произошло 21 избрание посадников, при этом ими становились 13 человек, происходивших из небольшого числа боярских семей.
В конце XII в. в Новгороде появилась должность тысяцкого, который представлял интересы незнатных слоев свободного населения: купцов, ремесленников и землевладельцев, не принадлежавших к боярству. В мирное время он ведал торговыми делами, участвовал в заключении торговых договоров, осуществлял полицейский надзор. В период военных действий — командовал ополчением, помогая князю. До XIV в. не известно случаев замещения одним и тем же лицом (или их близкими родственниками) должности тысяцкого и посадника. Вместе с посадником тысяцкий был гарантом контроля за княжеской властью.
Важная роль в «республике» отводилась епископу (с 1165 г. — архиепископу), кандидатура которого избиралась на вече, а затем утверждалась киевским митрополитом. Владыка Новгорода был не только главой влиятельной церковной иерархии, но и хранителем государственной казны, вместе с князем ведал внешней политикой, а с купеческой корпорацией «Ивановско сто» осуществлял контроль за эталонами мер и весов, имел свой полк. Он был наиболее стабильной фигурой в системе управления Новгородом, так как посадник и тысяцкий часто представляли интересы противостоящих друг другу новгородских группировок. Особая роль новгородского владыки позволила некоторым исследователям назвать Новгородскую землю теократической республикой. Однако экономическое и политическое могущество новгородского церковного иерарха в основном отвечало интересам боярства.
Вся административная система Новгорода была выборной. Город состоял из федерации самоуправляющихся районов — концов, которые являлись экономическими, военными и политическими единицами. Концы, в свою очередь, делились на улицы. Вся территория Новгородской земли была разделена на области — пятины, каждая из которых подчинялась в административном отношении одному из концов города. Пятины дробились на волости, а те — на погосты.
Властную элиту Новгорода представлял Совет господ, куда входили около 300 человек. Во главе совета стоял архиепископ, в его составе были князь, степенные (находившиеся в данное время в должности) и старые (ранее занимавшие должности) посадники, тысяцкие, наиболее знатные бояре, церковные иерархи, иногда кончанские старосты. Совет господ предварительно рассматривал вопросы, выносимые на вече. Представительство в совете было пожизненным.