Доброго дела нельзя было достигнуть ни такими и никакими другими речами, а только делом, и в начале 1563 года сам Иоанн с большим войском и нарядом двинулся к литовским границам; целию похода был Полоцк – город, важный сам по себе и особенно по отношению к Ливонии, по торговой связи его через Двину с Ригою. 31 генваря город был осажден, 7 февраля взят был острог, а 15 февраля, после того как 300 сажен стены было выжжено, город сдался; воевода полоцкий Довойна, один из самых приближенных людей к королю, и епископ отосланы были в Москву, имение их, казна королевская, имение панов и купцов богатых, много золота и серебра отобрано было на царя; жиды потоплены в Двине; но наемные воины королевские одарены шубами и отпущены числом больше 500 человек, дана им воля, вступить ли в царскую службу, ехать ли к королю или в другие земли, потому что они пришельцы из чужих земель. Уведомляя митрополита о взятии Полоцка, Иоанн велел ему сказать: «Исполнилось пророчество русского угодника, чудотворца Петра-митрополита о городе Москве, что взыдут руки его на плещи врагов его: Бог несказанную свою милость излиял на нас, недостойных, вотчину нашу, город Полоцк, нам в руки дал». Царь возвратился в Москву так же торжественно, как из-под Казани: в Иосифовом монастыре встретил его старший сын, царевич Иван; на последнем ночлеге к Москве, в селе Крылатском, встретили его младший сын, царевич Феодор, брат Юрий, ростовский архиепископ Никандр с другими епископами, архимандритами, игуменами. Митрополит со всем духовенством московским встретил у церкви Бориса и Глеба на Арбате; Иоанн бил им челом, что милостию Пречистой Богородицы, молитвами великих чудотворцев и их молитвами Господь Бог милосердие свое свыше послал, вотчину его, город Полоцк, в руки дал. Духовенство государю многолетствовало на его вотчине, благодарение великое воздавало, что своим подвигом церкви святые от иконоборцев-люторей очистил и остальных христиан в православие собрал. В Полоцке оставлены были трое воевод – князья Петр Иванович Шуйский, Василий и Петр Семеновичи Серебряные-Оболенские – с таким наказом: «Укреплять город наспех, не мешкая, чтоб было бесстрашно; литовских людей в город ни под каким видом не пускать; в городе должны жить одни попы у церквей с своими семьями, а лишние люди у попов не жили бы. В городе сделать светлицу, и ночевать в ней каждую ночь воеводам с своими полками поочередно. Управу давать литовским людям, расспросив, как у них обычаи ведутся, по их обычаям и судить; судебню сделать за городом в остроге; выбрать голов добрых из дворян и к присяге их привести, чтоб судили прямо, посулов и поминков не брали. Кто из детей боярских, шляхты и посадских людей останется жить на посаде, у тех бы не было никакого ратного оружия. Если в ком-нибудь из них воеводы приметят шатость, таких людей, не вдруг, затеявши какое-нибудь дело, ссылать во Псков, в Новгород, в Луки Великие, а оттуда в Москву».
Король, узнавши о взятии Полоцка, послал к хану крымскому с выговорами, зачем тот уверил его, что пойдет зимою на Москву, и не пошел, а между тем Иоанн, безопасный с этой стороны, пришел со всею своею землей в Литву и взял Полоцк; королевская же Рада прислала к боярам просить, чтоб московские войска удержались от дальнейших неприятельских действий, что послы литовские будут к Успеньеву дню в Москве. Иоанн велел унять войну; пересылки продолжались. В это время князь Дмитрий Вишневецкий оставил московскую службу по неизвестным причинам и перешел опять в Литву, но с тем, чтоб и здесь недолго оставаться. Гонцу Клобукову, отправленному в Литву, дан был наказ: «Если спросят о Вишневецком, то отвечать: притек он к государю нашему, как собака, и потек от государя, как собака же, а государю нашему и земле убытка никакого не учинил». Но на деле в Москве не были равнодушны к бегству удалого козака, который оказал так много услуг царю против Крыма и мог оказывать теперь услуги королю против царя; Клобукову наказано было разведывать: «Как приехал князь Дмитрий Вишневецкий на королевское имя, то король ему жалованье дал ли, и живет при короле ли, и в какой версте держит его у себя король? Да проведывать про Черкасских – Алексея и Гаврилу: каков их приезд был к королю и чем их король пожаловал? Если Алешка Черкасский пришлет к гонцу и объявит, что хочет опять ехать к государю, то отвечать ему, что челобитье его будет донесено до государя».