Однако делегаты съезда не стали углубляться в разбирательство нелогичностей, целиком полагаясь на способность руководства партии обеспечивать должную централизацию Союза ССР. В разъяснениях Троцкого на съезде это прозвучало следующим образом: «Национальность вообще не логичное явление, ее трудно перевести на юридический язык», поэтому необходимо, чтобы над аппаратом, регулирующим национальные отношения, «стояла в качестве хорошего суфлера партия… Если будут очень острые конфликты по вопросу о финансах и т. д., то, в конце концов, в качестве суперарбитра будет выступать партия».
Все это целиком соответствовало установке VIII съезда партии (март 1919 г.) на то, что существование особых советских республик «отнюдь не значит, что РКП должна, в свою очередь, сорганизоваться на основе федерации… Все решения РКП и ее руководящих учреждений безусловно обязательны для всех частей партии, независимо от национального их состава. Центральные комитеты украинских, латышских, литовских коммунистов пользуются правами областных комитетов партии и целиком подчинены ЦК РКП». Как показали дальнейшие события, унитаризм конфедеративного СССР (по признаку свободы выхода республик из союза) определялся особой, по сути диктаторской ролью в государстве коммунистической партии и ее лидеров.
Централизаторская роль партии проявилась уже вскоре после завершения съезда и выразилась в дальнейшем оттеснении от власти наиболее влиятельных «национал-уклонистов», в ряде случаев оказавшихся невольными пособниками «великорусского национализма». Так, обвиненный в связях с антисоветскими кругами Султан-Галиев был снят со всех постов, исключен из партии и вскоре арестован.
Султан-Галиев, опровергая обвинения, объяснял, что призывал сторонников активнее выступать с изложением позиций по проблемам национальных отношений лишь с тем, чтобы убедить руководство страны в правоте своих взглядов на их решение. Идея создания Туркестанской федерации с предоставлением ей «элементарнейших основ государственности» рассматривалась как фактор, способствующий ускоренному развитию производительных сил региона и пробуждению революционной активности трудящихся зарубежного Востока. В этой связи рассматривалась возможность образования независимой Республики Туран с включением в нее тюркских территорий Киргизии, Кашгарии, Хивы, Бухары, Афганистана и Персии, а также организация «Колониального Интернационала». Позднее Султан-Галиев писал о возможности создания на Востоке четырех федераций, которые должны быть включены в Советский Союз «на равных совершенно с Украиной правах»: Федерации Урало-Волжских республик (Башкирии, Татарии, Чувашии), Марийской и Вотской областей; Общекавказской федерации с включением всех нацреспублик Закавказья, Северного Кавказа, Дагестана, Калмыкии и Кубано-Черноморья в целом; Казахстана как союзной единицы; Среднеазиатской, или собственно Туранской, республики в составе Узбекистана, Туркмении, Киргизии и Таджикистана.
Все это было свидетельством наивного революционаризма в смеси с татарским национализмом. Опасным скорее всего представлялось бесстрашие в низвержении «ленинских» принципов, на основе которых до сих пор строился СССР. Сам Султан-Галиев ничего предосудительного «с точки зрения интереса международной социальной революции» в своих предложениях не видел. Напротив, подчеркивал он в письме в ЦКК РКП(б) в июне 1923 г., «это страшно для русского национализма, это страшно для западноевропейского капитализма, а для революции это не страшно». Группа руководящих работников Татарии в своем обращении к ЦК от 8 мая расценила его арест как «недоразумение» и просила об отмене репрессии.
13 июня Политбюро ЦК по предложению ВЧК приняло решение освободить Султан-Галиева из-под стражи. Ходатайство о его восстановлении в партии было отклонено. Вместе с тем, стремясь не допустить даже малейших сомнений в незыблемости освященных именем Ленина принципов устройства СССР, Политбюро решило изложить дело Султан-Галиева на специальном «совещании из националов окраинных областей».
4-е совещание ЦК РКП(б) с ответственными работниками национальных республик и областей состоялось 9-12 июня 1923 г. Официально оно созывалось для выработки практических мер по проведению в жизнь резолюции XII съезда партии по национальному вопросу. Докладчиком по основному вопросу совещания был Сталин. Положение дел на местах обрисовали представители 20 партийных организаций. Все были солидарны в том, что коммунистические организации на окраинах могут окрепнуть, сделаться настоящими, марксистскими, только преодолев национализм.
Большое значение имел представленный на совещании от имени Центральной контрольной комиссии доклад В. В. Куйбышева о деле Султан-Галиева. Отмечалось, что султан-галиевщина получила наиболее широкое распространение в восточных республиках, особенно в Башкирии и Татарии. Совещание расценило действия обвиняемого как самое уродливое выражение уклона к местному национализму, ставящее его «вне рядов коммунистической партии».