Председателем Думы стал член ЦК «Союза 17 октября» помещик Николай Алексеевич Хомяков, бывший директор департамента земледелия и бывший губернский предводитель дворянства. В марте 1910 г. Хомяков ушел в отставку. Вместо него был избран председатель «Союза 17 октября» А. И. Гучков. С этого момента Думу возглавляли лидеры политических партий. Начиная с III Госдумы утверждаются основные формы парламентской деятельности: дебаты по заявлениям правительства, обсуждение законопроектов и бюджета, в том числе и в думских комиссиях, а также слушание ответов на запросы депутатов. Председатель Думы играл решающую роль во время дебатов и получил, хотя и с ограничениями, право всеподданнейших докладов. Из депутатов формировались постоянные и временные комиссии. На основе одной или нескольких политических платформ создавались партийные фракции (или группы), регистрировавшиеся Совещанием Думы, но число беспартийных депутатов оставалось большим. Имелись думские объединения иного типа — польское коло, группы мусульманских депутатов, казаков, крестьян и священников. Деятельность Думы и постоянных комиссий фиксировалась в стенографических отчетах, которые не велись во временных комиссиях и руководящих органах Думы.
Совет министров стал важным звеном складывающейся политической системы, в обязательном порядке рассматривая законопроекты, поступавшие в Думу, и те, которые, минуя Думу, непосредственно утверждались царем. В пределах своей компетенции Совет министров принимал постановления, инструкции и распоряжения. После упразднения Комитета министров в апреле 1906 г. его функции перешли к Совету министров. Для оперативного решения множества мелких административных дел в декабре 1909 г. был образован так называемый Малый Совет министров. В «Основных государственных законах» специально перечислялся значительный круг вопросов государственного управления, которые оставались в ведении императора и которые передавались на рассмотрение Совета министров только в порядке высочайшего повеления. Известную самостоятельность по отношению к председателю сохранил каждый из министров, подчиняясь в своей деятельности только монаршей воле и монаршим указаниям. К формальным правилам добавлялись, осложняя совместную работу и усиливая независимость отдельных министров, различная степень их влияния на царя и его окружение, их связи с императорской фамилией и двором, с царскими фаворитами. История отдельных правительственных кабинетов 1906–1914 гг. показывает, что сплочению Совета министров способствовали авторитет и личность его главы. Объединительные тенденции в деятельности правительства особенно усиливаются при П. А. Столыпине, главным образом в связи с критическими обстоятельствами подавления революционного движения и тем доверием, которое первоначально царь оказывал Столыпину и выдвинутой им программе. Свою роль сыграла незаурядность личности самого Петра Аркадьевича. В момент назначения Столыпина главой кабинета (с одновременным оставлением его в должности министра внутренних дел) в Совете министров оставалось много представителей старого состава. В дальнейшем в правительстве происходят перестановки, продиктованные стремлением Столыпина привлечь к работе своих единомышленников и удалить лиц, настроенных против его преобразований. Кабинет, осознавая необходимость налаживания сотрудничества с Думой, регулярно представлял парламенту законопроекты. Большое внимание уделялось правительственным декларациям, речам премьера в Думе и ответам министров на депутатские запросы.
Деятельность политических партий и организаций стала характерным явлением общественной жизни России в послереволюционную эпоху. Активный процесс размывания в русском обществе старых сословий и утверждение новых буржуазных классов во многом предопределяли нечеткую связь политической партии и ее социальной базы. Одновременно это порождало существование внутри крупных партий фракций, групп, создание очень небольших, как правило, недолговечных политических объединений, придавая некоторую хаотичность политической борьбе в российском обществе. В эпоху третьеиюньской системы наиболее значимыми политическими партиями, как правило, представленными в Госдуме, были черносотенцы, октябристы, кадеты, трудовики и социал-демократы.