В свое первое президентство Ельцин начал борьбу с последствиями «суверенизации», когда в борьбе с Горбачевым сам Ельцин активно подталкивал автономии к неподчинению Центру, приобретению максимального суверенитета. В итоге тогда Ельцин «бросил гранату под собственную тахту». Россия стала больше напоминать конфедерацию, а не федерацию. Руководство национальных республик сумело добиться таких экономических и налоговых преимуществ, что взяло в свои руки федеральную собственность и фактически не платило в федеральную казну налоги. Попытки силовым путем решить проблему единства России оказались обречены на неудачу. Это показали события в Чечне, сумевшей воспользоваться ослаблением контроля Москвы и вырвавшейся на свободу. Поэтому был избран более сложный, но бескровный путь укрепления центральной власти. С 1991 г. президент начал подписывать с главами субъектов федерации (в том числе и с губернаторами) договоры о «разграничении полномочий». Это замедлило процесс, грозивший России распадом, но не означало полного подчинения местных кланов федеральной власти и обещероссийским законам.
Кремль каждый раз, идя на выборы, был вынужден заключать с ними соглашение, меняя голоса на привилегии.
Конец 1995-го и 1996 г. стали тяжелым испытанием для Ельцина. Система думских выборов не позволяла Ельцину полностью взять под контроль парламент. Проправительственные партии («Выбор России» в 1993 г., «Наш дом – Россия» в 1995 г.) не сумели получить в Думе не только большинства, но хотя бы более или менее значительного количества мест. Более того, на выборах 1995 г. коммунисты РКПРФ под руководством Г. Зюганова получили свыше трети мест в парламенте, что позволило им провести на место спикера своего однопартийца Г. Селезнева. Партия Гайдара («Демократический выбор России») даже не попала во вторую Думу. Поэтому весь период 1995—1999 гг. был наполнен противостоянием Кремля и Охотного ряда (где размещалась Дума) со всеми атрибутами острой политической борьбы, широковещательными популистскими заявлениями, а также интригами, беспардонным лоббированием, подковерной борьбой, подкупом, махинациями и даже драками в зале заседаний.
Ситуация этого времени явно была не в пользу Ельцина. Страна болезненно переживала социальные последствия экономических реформ, хроническими стали невыплаты зарплат, пенсий. Начатая в конце 1994 г. Первая чеченская война против сепаратистов генерала Дудаева, названная «операцией по восстановлению конституционного строя», оказалась не легким походом одного полка, как обещал министр обороны Б. Грачев, а кровопролитной бойней, которая стала уносить сотни жизней солдат и мирного населения. Ельцин, думая о предстоящих президентских выборах, начал сдавать многие позиции, за которые отчаянно боролся в 1990—1993 гг. Он отправил в отставку Чубайса, Шахрая и других министров гайдаровского «приема». Идя навстречу ностальгирующему по советским временам общественному мнению, он начал процесс «слияния» России и Белоруссии. Возможно, тем самым он готовил для себя на отдаленное будущее пост президента союзного государства.
Между тем приходилось думать в первую очередь не о далеком будущем, а о завтрашнем дне. К лету 1996 г. рейтинг президента упал до нижнего предела (в несколько процентов). В ближайшем окружении президента среди чекистов возникает мысль об отмене выборов и установлении диктатуры. Однако активные усилия Чубайса и семьи Ельцина, поддержка его кандидатуры лидерами крупного бизнеса (так называемая «семибанкирщина») не дали осуществить этот самоубийственный для Ельцина и его сторонников вариант. Он вступил в предвыборную кампанию, которую провел с необыкновенным подъемом, при полной поддержке прессы и местных властей, и в июне 1996 г. победил вышедшего во второй тур лидера коммунистов Г. Зюганова. Это было достигнуто во многом благодаря тому, что голосовать за президента призвал своих избирателей популярный генерал А. Лебедь, занявший третье место в первом туре. В качестве компенсации А. Лебедь получил пост секретаря Совета безопасности и явно рассчитывал идти и выше. Кроме того, на выборах многие избиратели, не желавшие возвращения коммунистического прошлого, а возможно, и начала гражданской войны, голосовали не за Ельцина, а против Зюганова. В те дни как анекдот рассказывали, что сторонники Зюганова голосовали за своего избранника и, в ожидании его победы, срочно закупали в большом количестве соль, спички, макароны – верный знак грядущих трудностей.
Второе президентство Ельцина