В 30—40-х гг. XIX в. спор о Несторе принял иное направление. А. Куба-рев в ряде статей сопоставил летопись с Житием Бориса и Глеба, а также Житием Феодосия Печерского, достоверно принадлежавшими Нестору. В летописи эти сюжеты излагал «ученик Феодосия», а в житиях — ученик преемника Феодосия — Стефан, лично Феодосия не знавший и писавший по воспоминаниям немногих знавших его старцев. Аргументацию А. Кубарева поддержал П.С. Казанский, полемизируя, в частности, с П. Бутковым, пытавшимся признать разнородные памятники, принадлежащими одному и тому же автору — Нестору. Именно П. Бутков пытался примирить сочинения Нестора с текстами летописи, полагая, что Нестеровы жития были написаны значительно ранее составления летописи (тем же Нестором). Этот аргумент будет позднее использован A.A. Шахматовым (впоследствии он от него отказался) и живет в некоторых работах до сих пор.
В 1862 г. вышла небольшая, но важная статья П.С. Билярского. Автор убедительно показал различия в языке житий и летописи, которые никак не позволяют приписать те и другие тексты одному автору. В том же и следующем году свое мнение о летописях высказал один из крупнейших лингвистов XIX столетия И.И. Срезневский. Он не отрицал участия Нестора в летописании (хотя и не обосновал этого), но впервые поставил вопрос о летописных текстах X в. и об участии многих летописцев в составлении того текста, который известен под названием «Повесть временных лет». Появилось также несколько публикаций о сложности летописной хронологии из-за разных систем счета лет.