«Приговор» 30 июня 1611 г., несомненно, сыграл важную роль в упрочении в освободительном движении объединительной тенденции,
однако и после его принятия в подмосковном лагере сохранялись серьезные противоречия. Особое недовольство в «таборах» вызывали антиказацкие мероприятия Прокопия Ляпунова и внешнеполитическая ориентация ополченского правительства на Швецию, с которой велись переговоры о возможном избрании на российский престол одного из двух шведских принцев — Густава-Адольфа или Карла-Филиппа. Компромиссное соглашение, заключенное между различными группировками движения в июне 1611 г., воплотившее в себе объединительные тенденции, оказалось недолговечным. Уже в конце июля произошло открытое столкновение конфликтующих сторон, в котором у Ляпунова не оказалось надежной опоры. Назревавшим в ополченской (точнее, казачьей) среде конфликтом не преминули воспользоваться осажденные в Кремле и Китай-городе поляки. Им удалось спровоцировать радикально настроенную часть «таборов» на открытое выступление против Ляпунова. Вызванный 22 июля в казачий круг, вождь ополчения был зарублен казачьим атаманом Сергеем Карамышевым, репрессиям подверглись и его сторонники.Несмотря на последовавший после этих событий отъезд из подмосковного лагеря части служилых людей замосковных городов, авторитет «Совета всей земли» Первого ополчения продолжал сохраняться на всей освобожденной от интервентов территории вплоть до 2 марта 1612 г., т.е. до дня присяги ополченцев из «таборов» объявившемуся в Пскове новому самозванцу — Лже-дмитрию III.
Продолжал функционировать и созданный в июне 1611г. аппарат центрального управления. Современники отмечали, что «Разряд и Поместный приказ, и Печатной, и иные приказы под Москвою были и в Поместном приказе и в иных приказах сидели дьяки и подьячие, и с волостей на казаков кормы сбирали». Приказная администрация занимала особое положение в Первом ополчении и весной — летом, и осенью — зимой 1611 г. Число дьяков, находившихся в земском лагере под Москвой, достигало в отдельные периоды 25—30 человек; из них 6 были думными дьяками. Их роль в сложившейся в «таборах» политической организации отнюдь не сводились к деятельности в ополченских приказах; дьяки принимали активнейшее участие в выработке правительственного курса подмосковного «Совета всей земли». При этом следует учесть, что в Нижегородском ополчении К. Минина и Д.М. Пожарского приказных дельцов оказалось гораздо меньше, а их политическое влияние было ничтожно. Все это время Первое ополчение и его руководители получали полное признание и поддержку Троице-Сергиевой обители — весьма авторитетного в русском обществе вдохновителя борьбы с польскими интервентами и католической опасностью. Однако нельзя не отметить и того, что после гибели Прокопия Ляпунова роль и значение ополченского «Совета всей земли» изменяется. Хотя он и не теряет своего статуса верховного распорядительного органа, но в практической деятельности решающее значение отводится теперь «приговору бояр», а не «приговору всей земли». Неизмеримо усиливаются в ополчении и в «Совете всей земли» позиции И.М. Заруцкого. Ни в одном из исследований, посвященных политической истории России эпохи Смутного времени, не отмечен очень важный и примечательный факт — в сентябре 1611 г. шенкурские тиуны рассылали по станам наказную память о выборе заказных старост по единоличному «указу государя нашего боярина Ивана Мартыновича [Заруцкого]». Падение авторитета подмосковного правительственного центра, а с ним и влияния одного из его руководителей — «боярина» Ивана Заруцкого произошло позднее, после организации Нижегородского ополчения, вожди которого называли его одним из главных «заводчиков казачьего воровства», всячески обличая старого болотниковца и «тушинца» в рассылаемых по стране грамотах.