Как ни парадоксально выглядит оценка деятельности патриархов Иоакима (1674 - 1690) и Адриана (1690 - 1700), но оба они хотя и участвовали в низложении Никона, придерживались тех же взглядов, что и опальный патриарх. Так, Иоаким настойчиво добивался ликвидации Монастырского приказа и передачи администрации, суда и финансов в руки духовенства и в конечном счете достиг своего - в 1677 г. Монастырский приказ был упразднен и мирские чиновники более не выполняли административных, финансовых и судебных функций в вотчинах духовных помещиков. В завещании, составленном Иоакимом в 1690 г., патриарх заклинал царя не знаться с "богомерзкими" иноверцами, с "латины, лютеры, кальвины" и не прельщаться "непотребными" иноземными порядками. Бритье бороды он объявляет "елинским блудничеством, гнусным обычаем". За это велит наказывать отлучением от церкви. Патриарх Адриан не скрывал теократических взглядов и, подобно Никону, отдавал предпочтение духовной власти над светской: "Царство убо власть имать точию на земли... Священство же власть иметь и на земли и на небеси".
Итак, борьба светской власти за примат над духовной началась не при Петре, а задолго до него, учреждение Монастырского приказа придумано не Петром, а за полстолетия до него. Царь-реформатор придал этой борьбе присущий его интеллекту широкий размах, а в самой борьбе он занял не оборонительные, как его отец при Никоне, а наступательные позиции.
Новые подходы к решению проблемы объяснялись, с одной стороны, ускоренным движением политического строя к абсолютизму, по своей природе не терпящим рядом с собой равной ему власти, а с другой - четким пониманием того, что "лютеры и кальвины" обладали передовой культурой, необходимыми знаниями, опытом промышленного строительства, организации армии и флота. Если руководствоваться заветами патриарха Иоакима, то надо было обречь страну на косность и отсталость, наложить запрет на заимствование всего передового, что могло проникнуть в Россию с "богопротивного" Запада и в конечном счете отказаться от преобразований.
Петру надобен был не противник преобразовательных планов, а активный помощник, целиком разделявший его намерения. Такого помощника он среди духовных иерархов не обнаружил, и потому, чтобы не обрести второго Никона, решил вместо избрания патриарха назначить местоблюстителя патриаршего престола. Выбор пал на Стефана Яворского, проникновенная проповедь которого на похоронах боярина Шеина обратила внимание царя. Эта речь и решила карьеру сына мелкого украинского шляхтича, в течение года проделавшего путь от настоятеля монастыря до рязанского митрополита и, наконец, высшего церковного иерарха.
Петр, умевший угадывать таланты у своих помощников, на этот раз ошибся. Хотя Стефан Яворский не отваживался на открытое осуждение преобразований, но несомненно был тайным их недоброжелателем и иногда позволял себе высказывать суждения, не вызывавшие одобрения царя. Так, местоблюститель не одобрял насильственное пострижение первой супруги Петра Евдокии Лопухиной, его женитьбы на безродной Екатерине. Но особенно обострились отношения между царем и местоблюстителем в 1712 г., когда Стефан Яворский в день ангела царевича Алексея назвал его "единой надеждой России" и обрушился на введенный Петром институт фискалов.
Стефан Яворский был прав, когда выступил против безнаказанности фискалов за неправый донос. По его мнению, фискал, не доказавший вины, должен подлежать такому же наказанию, которому мог быть подвергнут обвиняемый. Проповедь вызвала гнев царя. Он запретил местоблюстителю произносить проповеди в своем присутствии и потребовал от него письменного объяснения.
Одновременно с учреждением должности местоблюстителя был круто изменен уклад жизни черного духовенства. Монахам было запрещено держать в кельях чернила и бумагу, ограничивался переход их из одного монастыря в другой. Но главное новшество состояло в том, что Монастырский приказ взял на учет владения монастырей и духовных владык и поделил их на две категории: доходы с одних, так называемых определенных, шли на удовлетворение нужд монастыря из расчета на каждого монашествующего, независимо от чина, по 10 руб. и 10 четвертей хлеба в год; другие вотчины, "заопределенные", управлялись чиновниками, назначаемыми Монастырским приказом. Все доходы с этих вотчин поступали в казну. За первые 11 лет своего существования Монастырский приказ перечислил в государственный фонд свыше 1 млн. руб.