Политика Петра пользовалась поддержкой широких кругов дворянства. Но среди феодалов, как светских, так и духовных, было немало недовольных. Осуществление преобразований влекло утрату аристократией руководящей роли в государственном управлении. Новшества вызывали недовольство и духовенства, так как оно попадало во все большую зависимость от светской власти и в связи с частичной секуляризацией монастырских владений лишилось прежней хозяйственной независимости.
Часть боярства и духовенства активно боролись за сохранение своего влияния, за старые порядки против новых. Проявлением этой борьбы были боярские заговоры, распространение ложных слухов, сеявших недоверие к реформам. В 1697 г. Преображенский приказ раскрыл заговор, возглавляемый представителем боярской фамилии - окольничим Алексеем Соковниным. Он ориентировался на Милославских, при Софье возглавлял Конюшенный приказ, а при Петре потерял эту должность. Соковнин намеревался убить Петра или, воспользовавшись его отсутствием, совершить дворцовый переворот при помощи стрельцов и казаков. Исполнение плана взял на себя бывший стрелецкий полковник Циклер. Заговорщики поплатились жизнью.
В это же время функционировал кружок монаха Авраамия в Андреевском монастыре. Среди своих единомышленников Авраамий развивал две темы: осуждал поведение Петра, его увлечение морским делом и критиковал непорядки в управлении, лихоимство и казнокрадство приказных служителей. Свои взгляды Авраамий изложил в "тетради", переданной для ознакомления Петру. В ней он рекомендовал царю отказаться от преобразований, вести "приличное сану житие", т. е. уподобиться своим предшественникам.
Враждебные преобразованиям настроения боярства и духовенства наиболее ярко проявились в деле царевича Алексея. Сын Петра I от первого брака, царевич Алексей воспитывался в среде первой жены царя Евдокии Лопухиной. Петр хотел, чтобы сын овладел военным делом, изучил кораблестроение, выполнял отдельные поручения, а последний уклонялся от этого, прикидываясь больным и проводя время в "смертельном пьянстве".
В 1715 г., когда у 25-летнего царевича родился сын и таким образом появился новый кандидат в наследники, Петр предложил Алексею либо постричься в монахи, либо принять участие в государственных делах. В письме Алексею царь грозил лишить его права наследовать престол, "ибо я за мое отечество и люди живота своего не жалел, то како могу тебя непотребного пожалеть".
Алексей внешне проявил полную покорность, он согласился стать монахом и отказался от короны. В действительности Алексей считал монастырь удобным местом, где можно, притаившись, ожидать смерти отца, чтобы потом предъявить свои права на престол. Главный его советчик утешал царевича: "Вить-де клобук не прибит к голове гвоздем, можно-де его и снять".
В 1716 г. Алексей, притворившись, что едет по вызову отца в Копенгаген, бежал в Вену "под дирекцию" своего шурина, австрийского императора Карла VI. Стараниями П. А. Толстого и А. И. Румянцева царевич был возвращен в Россию. Началось следствие, выявившее сообщников царевича.
Алексей считал своими сторонниками всех, "кто старину любит". Он надеялся на сочувствие князей Голицыных, Долгоруких и др. Единомышленники находились и в Суздале, где держали в заточении бывшую царицу Евдокию, взгляды царевича разделял ростовский митрополит Досифей. Видное место среди заговорщиков занимал А. В. Кикин, в прошлом любимый денщик Петра. За казнокрадство он был лишен должности, имущества и отправлен в ссылку. Хотя Петр после этого вновь приблизил Кикина, но последний не забыл обиды и стал главным советником Алексея.
Находясь в Австрии, Алексей строил планы захвата престола при военной помощи государств, враждебных России. Внутри страны он рассчитывал на поддержку сенаторов из знати и особенно духовенства: "Кликну архиереям, архиереи - приходским священникам, а священники - прихожанам". Захват власти Алексеем должен был сопровождаться ликвидацией преобразований, отстранением от должностей ближайших сподвижников Петра, перенесением столицы из Петербурга в Москву, отказом от строительства флота и активной внешней политики.
Суд, состоявший из 127 светских сановников, признал царевича виновным в измене и летом 1718 г. приговорил его к смертной казни. Приговор не был приведен в исполнение, так как Алексей, видимо, умер под пытками. По другой версии он накануне казни был задушен в каземате Петропавловской крепости. Прочие активные участники заговора также были казнены.
С делом царевича Алексея тесно связано опубликование в 1722 г. Устава о наследии престола.
В Уставе дано обоснование прав царствующей особы назначать себе преемника по своему усмотрению, минуя старшего сына. Подобно тому как по указу о единонаследии родители могли передать недвижимое имущество достойному наследнику, "хотя и меньшему, мимо больших... который бы не расточал наследства", так и назначение наследника престола должно находиться "в воле правительствующего государя".