Инициатива создания военных поселений всецело исходила от Александра I. Поставленный главным начальником над военными поселениями Аракчеев сначала даже возражал против их введения, предлагая решить проблему комплектования армии путем сокращения срока солдатской службы до 8 лет и из увольняемых в запас создавать необходимый резерв. Но как только вопрос о военных поселениях окончательно был решен Александром I, Аракчеев стал самым рьяным и последовательным проводником этой меры в жизнь. Педантичность, поистине маниакальная приверженность к "порядку" и строгой дисциплине, неукоснительная исполнительность и бесспорно незаурядные организаторские способности - качества, присущие Аракчееву и особенно ценившиеся в нем Александром I, выдвинули этого временщика на первое место на политическом небосклоне в России в 1815 - 1825 гг.
Аракчеев применял самые жестокие меры при подавлении сопротивлявшихся введению военных поселений крестьян и казаков. В 1817 г. против восставших крестьян Новгородской губернии применялась даже артиллерия. Массовой экзекуции были подвергнуты сопротивлявшиеся этой мере в 1817 - 1818 гг. казаки Херсонской губернии. Летом 1819 г. вспыхнуло крупное восстание военных поселян в Чугуеве близ Харькова. Восстание было подавлено с помощью двух дивизий регулярных войск и артиллерии.
Окончательный поворот к реакции произошел после 1820 г. Он явился ответом на ряд внешних и внутренних событий, которые произвели на Александра I глубокое впечатление. Наблюдательные современники, в первую очередь декабристы, связывали усиление реакционного политического курса Александра I с политическими потрясениями 1820 г. в Западной Европе. На конгрессе Священного союза в Троппау осенью 1820 г. он призвал "принять серьезные и действенные меры против пожара, охватившего весь юг Европы, от которого уже огонь разбросан во всех землях". В то же время он получил известие о волнении в Петербурге лейб-гвардии Семеновского полка. Оно произошло 16 - 18 октября 1820 г. и было вызвано жестокостями вновь назначенного командира этого полка полковника Е. Ф. Шварца. Это событие произвело большое впечатление в Петербурге. Восстала не обычная воинская часть, а основанный еще Петром I один из старейших гвардейских полков, на который "смотрела вся армия". Этот полк был наиболее близок ко двору, и шефом его значился сам Александр I. Солдаты этого привилегированного полка в большинстве своем были ветеранами многих войн, грамотными и бывалыми. Заметим, что Семеновский полк оказался как бы "колыбелью" декабризма: первое декабристское общество Союз спасения возникло в казармах Семеновского полка. Однако служившие в полку члены тайного общества не только не приняли участия в солдатском протесте, но старались даже предотвратить его, хотя и горячо сочувствовали положению солдат.
Первым Александру сообщил это неприятное для него известие австрийский канцлер Меттерних, представив это как свидетельство того, что и в России "неспокойно". По приказу царя полк был раскассирован по различным армейским частям, его 1-й батальон предан военному суду, "зачинщики" возмущения прогнаны сквозь строй и сосланы в бессрочную каторгу, а солдаты 1-го батальона разосланы по сибирским гарнизонам. Александр I ошибочно полагал, что возмущение Семеновского полка инспирировано тайным обществом. Следствие не обнаружило этого. Однако после усилилось наблюдение тайной полиции за настроениями в армии, а затем и среди гражданского населения. Вскоре Александр I по доносам узнал и о существовании тайного общества декабристов - Союзе благоденствия. Но он решил обойтись без арестов и громкого судебного процесса. Рассказывают даже, что он бросил список членов тайного общества в пылающий камин, якобы не желая знать "имен этих несчастных", ибо и сам "в молодости разделял их взгляды", добавив при этом: "Не мне подобает карать". Однако он знал "имена несчастных" по другим доносам и решил покарать их тайно, без судебной огласки: одни были разжалованы, другие сосланы, и те и другие отданы под негласный надзор полиции.
В 1822 г. последовал рескрипт на имя управляющего Министерством внутренних дел В. П. Кочубея о запрещении тайных обществ и масонских лож и о взятии с военных и гражданских чинов подписки, что они не принадлежат и впредь не будут принадлежать к таковым организациям. В 1821 - 1823 гг. помимо секретной гражданской полиции вводится сеть тайной полиции в гвардии и в армии. Были особые агенты, следившие за действиями самой тайной полиции, а также друг за другом. Следили за всеми высшими государственными лицами, в том числе и за Аракчеевым (у которого, кстати, была и своя агентура).