Быстрота, с которой произошло политическое объединение русских земель, привела к тому, что старое, связанное с удельными временами, оказывалось живучим и причудливо переплеталось с новым. В итоге для России конца XV - первой половины XVI в. было характерно сочетание единства страны и разнообразия укладов и социальных отношений в прежде независимых землях. Наряду с государем всея Руси сохраняли долю своей власти вынужденные ему подчиниться феодальные владыки. Церковный писатель того времени Иосиф Волоцкий называл Василия III "всея Русский земля государем государь". Это определение содержало не только лесть монарху, но и точную характеристику истинного положения вещей. Под высокой рукой государя всея Руси продолжали властвовать над своими подданными другие "государи", рангом пониже. Местные князья нередко оставались наместниками в своих прежних княжествах, часто под суверенитетом великого князя сохраняли и княжеские права, выдавали жалованные грамоты, имели своих вассалов.
Политический строй Русского государства рубежа XV - XVI вв. развивался в сторону централизации. Великий князь всея Руси уже систематически пользовался титулом государь, а в его власти проявлялись черты самодержца. Даже внешний вид государя во время торжественных церемоний должен был показывать его отличие от подданных. В руках у него скипетр и держава - символы верховной власти. На голове - великокняжеская корона, "шапка Мономаха", выкованная из золота тюбетейка, опушенная мехом и увенчанная уже в Москве крестом. Предполагают, что она была подарена Ивану Калите ханом Узбеком. Официальная же московская легенда начала XVI в. "Сказание о князьях Владимирских" рассказывала, что это якобы византийская корона, перешедшая к Владимиру Мономаху от его деда, византийского императора Константина Мономаха как знак царского достоинства. В 1472 г. овдовевший Иван III женился на племяннице последнего византийского императора Софье (Зое) Палеолог, после чего великокняжеским гербом стал византийский двуглавый орел.
Уже при Василии III один из придворных - Берсень Беклемишев вспоминал, что Иван III любил "встречу", т. е. несогласие с ним. Вероятно, Берсень несколько идеализировал прошлое. Иван III умел беспощадно расправляться с теми приближенными, кто рисковал "высокоумничать".
Характер, который приобрела власть государя, ясно виден на примере событий династического кризиса рубежа XV - XVI вв. Ход событий был таков. От первой жены у Ивана III был сын Иван, которого, чтобы отличить от отца, называли "Молодым". Он умер в 1490 г.; наследником престола стал его сын Дмитрий. В 1498 г. Иван III торжественно венчал своего внука великокняжеским венцом. Софья Палеолог и ее сын Василий тщетно пытались помешать торжеству Дмитрия Внука: жена и сын оказались в опале. Но вскоре ситуация изменилась. Дмитрий Внук и его мать, дочь молдавского господаря Елена Стефановна ("Елена Волошанка"), были близки к религиозным вольнодумцам и даже еретикам. Когда Иван III, сначала сочувствовавший вольнодумцам, вернулся в стан ортодоксов, он приказал арестовать внука и сноху. Стоит обратить внимание на то объяснение, которое давал государь своему решению: "Чи не волен яз, князь великий, в своих детех и в своем княжении? Кому хочу, тому дам княжение". Основой великокняжеской власти была здесь не законность, а личное желание самодержца, деспотический принцип. Государство Иван III считал своей личной собственностью, вотчиной.
При Василии III еще более усилилась великокняжеская власть. Упоминавшийся выше Берсень Беклемишев был казнен за "непригожие речи" о государе. Он, в частности, жаловался в беседах с монахом Максимом Греком, что Василий III важнейшие дела решает "сам-третей у постели", со своим личным окружением. Посол Германской империи Сигизмунд фон Герберштейн, чье сочинение отличается спокойствием оценок и неплохим знанием русской жизни, писал, что ни один из советников Василия III не решается ему противоречить, что его подданные считают, "что воля государя есть воля божья, и что ни сделает государь, он делает по воле божией".