В годы боярского правления ухудшилось положение народных масс. Сторонники враждующих группировок, получая в награду за помощь в борьбе за власть выгодные кормления, были, по сути, бесконтрольны, а потому их злоупотребления и взяточничество достигли невиданных размеров. Современник даже сравнивал кормленщиков тех лет с дикими зверями. Сложившаяся ситуация привела к обострению классовой борьбы. В конце 40 - 50-х годов власти усиливают репрессии против "разбоев" (а выступления крестьян нередко носили разбойный характер), что свидетельствует о напряженном положении в деревне. Писатель середины XVI в. Ермолай-Еразм писал о "скорбных волнениях", в которых постоянно пребывают крестьяне.
Наибольший размах носили в эти годы выступления горожан. Летом 1547 г. вспыхнуло восстание в Москве. Поводом послужил грандиозный пожар, оставивший без крова и разоривший большинство жителей столицы. Посадские люди так люто ненавидели бояр, что решили, что они подожгли Москву. Главными виновниками посчитали тех, кто стоял у власти, - князей Глинских. Прошел даже слух, будто бабка Ивана IV Анна Глинская оборачивалась птицей, летала по городу и кропила кровью из сердец мертвецов дома, от того и возникал пожар. Одного из Глинских убили, другие бежали. Затем москвичи отправились в загородную резиденцию Ивана IV - село Воробьево требовать выдачи Глинских. Еле-еле, не жалея обещаний, Иван IV уговорил посадских разойтись. Но бурлила не только Москва. Перед самым московским восстанием началось движение во Пскове. С жалобой на злоупотребления наместника к Ивану IV приехала делегация псковичей. 17-летний государь жестоко расправился с "посадскими мужиками", вздумавшими искать у него справедливости. По словам летописца, он их "бесчествовал, обливаючи вином горючим (т. е. спиртом), палил бороды и волосы да свечею зажигал, и повелел их покласти нагих по земли". Волнения охватили также Коломну, Устюг Великий, Опочку.
Выступления свидетельствовали о сильном социальном недовольстве, проникшем в различные слои общества. Существовала настоятельная потребность в достижении успокоения, обретении социального равновесия, стабильности. Эти задачи напрямую были связаны с восстановлением расстроенного государственного аппарата, укреплением власти, реформами. Последние по своему содержанию объективно должны были быть направлены на усиление централизации. Другой вопрос, что различные сословные группы, политические деятели предлагали свои варианты и модели централизации.
Укреплению самодержавия, а следовательно, и централизации должен был способствовать и новый титул царя, который Иван IV принял незадолго до московского восстания - в январе 1547 г. Теперь государь был не просто старшим из князей, но царем: этот титул считали равным императорскому, так называли византийских императоров и ханов Золотой Орды. Все византийские поучения, переведенные на русский язык, призывавшие "царя чтити", теперь стали относиться к особе царя и великого князя всея Руси.
Ок. 1549 г. сложился правительственный кружок, который вошел в историю под названием Избранной рады. Возглавлял это правительство Алексей Федорович Адашев, яркий и талантливый государственный деятель, выходец из богатого, но не слишком древнего рода костромских вотчинников. Участвовал в этом правительстве и священник придворного Благовещенского собора Сильвестр. Влиял на политику правительства и глава церкви митрополит Макарий. Избранная рада в середине XVI в. провела серию серьезных реформ, направленных на централизацию государства. В 1550 г. был принят новый Судебник. Он был основан на Судебнике 1497 г., но расширен, лучше систематизирован, в нем была учтена судебная практика. Были подтверждены и уточнены нормы крестьянского перехода в Юрьев день. "Пожилое", которое крестьянин уплачивал феодалу при переходе, было немного увеличено, вероятно, из-за происшедшего падения денежного курса. Усилилась власть феодала над крестьянами: на барина возлагалась ответственность за преступления крестьян; феодала именовали "государем" крестьянина: тем самым юридическое положение крестьянина приближалось к статусу холопа; это был шаг на пути к крепостничеству. Более жестокими стали наказания для "лихих людей", обвиняемых в "разбоях". Впервые в Судебнике были введены наказания для бояр и дьяков-взяточников, ограничены права наместников и волостелей.