Человек, оказавшийся волею судьбы на московском престоле, не пользовался ни авторитетом, ни народной любовью. Главным качеством характера Шуйского было лицемерие, любимый способ борьбы - интрига и ложь. Подобно Годунову, он успешно усвоил все уроки правления Ивана Грозного, был недоверчив, коварен, однако не обладал ни государственным умом, ни опытом царя Бориса. Его слову нельзя было верить: при правителе Борисе Годунове Шуйский, глава следственной комиссии в Угличе, клялса, что царевич Дмитрий закололся сам; затем, при Лжедмитрии I, что царевич жив и, значит, Годунов - узурпатор; наконец, что царевич был заколот людьми Годунова и царь Дмитрий - самозванец. Умственную ограниченность Шуйский пытался восполнить хитростью. Замена была плохая. Этот человек не был способен остановить развал государственности и преодолеть раскол социальный.
С самого начала Шуйский не пользовался широкой поддержкой. Легитимность его избрания признали далеко не все. Не случайно о своем избрании даже царь Василий писал, что принял Мономахов венец по выбору "всяких людей Московского государства", а не "всех людей всех государств Российского царствия". В этом определении - косвенное признание оппозиции, возникшей во многих регионах страны.
Знаменем оппозиции вновь стало имя царя Дмитрия Ивановича, который, по слухам, спасся от заговорщиков и на этот раз. Шуйский срочно организовал церемонию перезахоронения мощей царевича, объявленного святым. В Углич за гробом отправился Ростовский митрополит Филарет Ф. Н. Романов, возвращенный из ссылки еще Лжедмитрием I. Царь, по-видимому, сулил ему патриаршество. Но по возвращении обманул, испугавшись встретить в Романове личность независимую. Вместо низведенного патриарха Игнатия, ставленника самозванца, на патриарший престол был избран Казанский митрополит Гермоген - человек фанатичный и твердый в вере.
Против Шуйского выступило население порубежных уездов, опальные сторонники Лжедмитрия, такие, как воеводы Путивля князь Г. Шаховской и Чернигова князь А. Телятевский. Оппозиционные настроения охватили дворянские корпорации, среди которых особенно была сильна Рязанская, возглавляемая энергичным кланом Ляпуновых и Сумбуловым, и веневская Истомы Пашкова. Летом 1606 г. движение стало приобретать организованный характер. Появился и руководитель - Иван Исаевич Болотников.
Холопство было неоднородным институтом. Верхи холопов, приближенные к своим владельцам, занимали достаточно высокое положение. Не случайно многие провинциальные дворяне охотно меняли свой статус на холопий. И. Болотников, по-видимому, принадлежал к их числу. Он был военным холопом А. Телятевского и скорее всего дворянином по своему происхождению. Впрочем, не следует придавать этому слишком большого значения: социальная направленность взглядов человека определялась не одним только происхождением. "Дворянством" Болотникова можно объяснить его военные дарования и качества бывалого воина.
Есть известия о пребывании Болотникова в крымском и турецком плену, гребцом на галере, захваченной "немцами". Существует предположение, что, возвращаясь из плена через Италию, Германию, Речь Посполитую, Болотников успел повоевать на стороне австрийского императора предводителем наемного казацкого отряда против турок. В противном случае трудно объяснить, почему именно он получил полномочия "большого воеводы" от человека, выдававшего себя за царя Дмитрия.
Восставшие, собравшиеся под знаменами "царя Дмитрия Ивановича", представляли собой сложный конгломерат сил. Здесь были не только выходцы из низов, но и служилые люди по прибору и отечеству. Едины они были в своем неприятии новоизбранного царя, различны в своих социальных устремлениях. После успешной битвы под Кромами в августе 1606 г. восставшие заняли Елец, Тулу, Калугу, Каширу и к концу года подступили к Москве. Сил для полной блокады столицы не хватило, и это дало возможность Шуйскому мобилизовать все свои ресурсы. К этому времени в стане восставших произошел раскол и отряды Ляпунова (ноябрь) и Пашкова (начало декабря) перешли на сторону Шуйского.
Сражение под Москвой 2 декабря 1606 г. окончилась поражением Болотникова. Последний после ряда сражений отступил к Туле, под защиту каменных стен города. Сам В. Шуйский выступил против восставших и в июне 1607 г. подошел к Туле. Несколько месяцев царские войска безуспешно пытались взять город, пока не перегородили реку Упу и не затопили крепость. Противники Шуйского, положившись на его милостивое слово, отворили ворота. Однако царь не упустил возможности расправиться с вождями движения.