Естественной основой для рождения новых ведомств стали Большой и областные дворцы, Казна (ее роль особенно велика), боярские комиссии. Хотя первые приказы появились ранее 50-х годов XVI в., реальное их рождение как системы управления происходило в эпоху Избранной рады. Обычно говорят о приказах трех видов. В первую группу входили учреждения с функциональными по преимуществу прерогативами в масштабах государства. Так упоминавшийся Посольский приказ ведал дипломатическими сношениями, Поместный – учетом земель, контролем над их оборотом, обеспечением поместьями служилых дворян, составлением исходной базы для государева были сосредоточены функции по организации военного дела и воинской службы благородных сословий. Аналогичные задачи в отношении служилых людей по прибору исполняли возникшие немного позже Пушкарский и Стрелецкий приказы. Несколько приказов заведовали сбором прямых и косвенных налогов (Казна, приказ Большого прихода) и др. Сыском и судом по делам высшей уголовной юрисдикции ведал Разбойный приказ (он был верхней инстанцией для всех местных судов). В Холопьем приказе велся учет и осуществлялся контроль над всеми сделками с холопами.
Приказы второго вида надзирали в административно-управленческом и судебном планах над определенными территориями и отдельными разрядами населения. Такими были, по ряду функций, Большой и областной дворцы. В них и боярских судебных комиссиях судились обычно служилые люди по отечеству. Немногим позднее известны так называемые судные приказы – в них вершился сословный дворянский суд. Тяглое население (городское и сельское) ведалось в особых учреждениях (впоследствии именовались приказами-четвертями): они, в частности, были высшей судебной инстанцией по гражданским и иным делам для земских судов. В столице тяглецы посадов и сотен управлялись и судились Земским приказом.
Оформились приказы, обязанные существованием разнообразию потребностей царского двора. Принадлежавшие государю на правах личной собственности вотчины управлялись Большим и областными дворцами, а отчасти Казной. Но были и специализированные учреждения, в функции которых входило обеспечение двора едой, медом и винами, поддержание в надлежащем порядке всего того, что связано с царскими конюшнями, охотой, одеждой.