Борьба за власть, то скрытая, то явная, привела в конце концов к пострижению Романова (1601), удалению его в один из северных монастырей. Бурные события Смуты имели для Федора Никитича, в монашестве Филарета, последствия благоприятные – он стал сначала ростовским митрополитом, потом патриархом, правда только «тушинским» в глазах многих. Вернувшись из польского плена шесть лет спустя после избрания сына Михаила царем, он возглавил не только русскую православную церковь, но и по существу управление всем государством. Его, как и сына, официально именовали «великим государем».
Филарет наметил и проводил в жизнь программу мер по государственному управлению. По его инициативе осуществляли учет земельного фонда в стране, «дозоры» – описания запустевших селений, земель; вводилась «живущая четверть» («дворовая четверть») как единица податного обложения. Принимались меры по упорядочению судопроизводства, уменьшению произвола властей, на местах и в центре.
В этом духе Земский собор 1619 г. по докладным «статьям» Филарета принял приговор с программой мер. Постепенно они осуществлялись. Наибольшее внимание он уделял делам не церковным, а государственным, мирским. Авторитет его был очень велик; его ум, знания, опыт приносили немалую пользу. В церковной жизни со времени Смуты царили неустроение, насилие, мздоимание. Филарет привел церковь к порядку и спокойствию. Заботился о печатании богослужебных книг.
Не имея богословского образования, он проявлял в церковных делах известную и вполне понятную осторожность. Принимал меры против нравственной распущенности, религиозного вольнодумства. Для управления патриаршим домом, хозяйством при нем появляются патриаршие приказы (судный, церковных дел, казенный, дворцовый). В конце жизни Филарет выступает инициатором русско-польской (Смоленской) войны 1632 – 1634 гг., неудачной для России. В разгар осады Смоленска он скончался (1 октября 1633 г.).