В Челобитенном приказе судились начальники, дьяки, подьячие, сторожа самих приказов. Он же выступал в роли высшей апелляционной инстанции по судебным делам всех остальных приказов. Приказ как бы стоял над другими учреждениями. Сходные, но более широкие функции имел Приказ тайных дел, контролировавший деятельность всех государственных учреждений, послов, воевод; ему же подчинялось все хозяйство царской фамилии. Существовал он, правда, недолго: с 1654 до смерти Алексея Михайловича (1676).
В 1621 г. возник Приказ счетных дел, который проверял доходы и расходы всех приказов. Это учреждение, как и приказы Тайный, Челобитенный, осуществляло надзор, контроль за другими приказами.
Особое место занимала группа дворцовых приказов, ведавших обслуживанием царского семейства и двора. Приказ Большого дворца управлял дворцовым хозяйством в столице, дворцовыми волостями и селами по всему государству. В Казенном приказе (дворе) хранилась вещевая казна монарха. В Конюшенном приказе наблюдали за царскими конюшнями и мастерскими, изготовлявшими кареты, сани, упряжь для царских выездов.
Внешнеполитические функции были прерогативой Посольского приказа. Он же собирал со всей страны налоги на выкуп пленных: полоняничные деньги. Ему подчинялись донские казаки, служилые татары, перешедшие на русскую службу после присоединения Поволжья, Приуралья и Сибири, а также учреждения, которые власти создавали для управления присоединенными к России землями: приказы Малороссийский, Великия России, княжества Смоленского и др.
Обороной государства, а это тоже функция внешнеполитического характера, занималась группа военных приказов, одновременно имевших и некоторые внутриполитические функции. Разрядный приказ, главный из них, руководил военными операциями. Другие приказы – Стрелецкий, Пушкарский, Иноземский, Рейтарский и Казачин – ведали специальными родами войск.
Единства в распределении дел между приказами не существовало. Вся эта громоздкая махина с трудом поддавалась контролю верховной власти.
В последней четверти столетия стало почти обычаем объединять приказы в группы. Одну из них составляли Посольский, Новгородский, Владимирский, Галицкий, Устюжский, Малороссийский, Великия России и Смоленский. В другую входили Большой приход, Большая казна и Новая четь. В третью – Костромская четь и Стрелецкий. В четвертую –
Пушкарский и Рейтарский. Это были опыты, попытки не очень удачного упрощения громоздкой приказной машины. Они подготовили реформу центрального управления, проведенную при Петре.