Через пятнадцать лет устроили школу при Печатном дворе. При открытии школы в ней было 30 учеников, взятых из разных сословий и учившихся греческому языку; через три года – уже 56, еще через год – на десяток больше. А 166 учеников постигали премудрости и сложности славянского языка. 232 ученика в школе – немало для XVII столетия!
В 1687 г. открыли Славяно-греко-латинское училище, впоследствии названное академией. По «привилегии», давшей программу образования, оно должно было стать не только церковным, а общим. Здесь постигали «семена мудрости» из наук гражданских и церковных, «наченше от грамматики, пиитики, риторики, диалектики, философии раэумительной, естественной и нравной, даже до богословия», т.е. всю схоластическую школьную премудрость, идущую от средневековья; весь школьный цикл от низших до высших классов, начиная с грамматики и кончая философией (метафизической и натуральной), этикой и богословием. Училище было одновременно высшим и средним учебным заведением. В соответствии с уставом, в училище принимали людей «всякого чина, сана и возраста». В будущем государственные должности могли получить только выпускники школы, за исключением детей «благородных»: их «порода» считалась достаточной гарантией успешной службы на государственном поприще.
На училище, или академию, возлагали немалые надежды. И потому наделили деньгами и всякими льготами, иммунитетами: профессоров и учащихся, за исключением уголовных дел,
подчинили суду собственной училищной юрисдикции, «блюстителя» же (ректора) – суду патриарха. Приказы не могли входить в их тяжебные дела и проступки. Училище получило библиотеку.Первые преподаватели, профессора были греки: братья Лихуды, Иоанникий и Софроний. Учеников для них взяли из школы Печатного двора
. В первый год их было 28, на следующий – 32. Шли сюда и отпрыски московской знати, и дети приказных дельцов. Полдюжины учеников ходили в лучших; в их числе – Петр Васильевич Посников, сын дьяка Посольского приказа, ставший доктором медицины Падуанского университета в Италии.