Уже при присоединении Новгорода государственная власть наложила руку на владения архиепископской кафедры и монастырей. Дело не ограничилось конфискациями 70— 80-х гг., часть земель была отобрана у новгородских церковных учреждений еще и в 1499/1500 г. В результате церковь в Новгородской земле утратила 3/4 своих владений. Великий князь хотел бы осуществить подобные и даже заходящие значительно далее перемены в масштабе всей страны. На церковном соборе, созванном в 1503 г., Иван III, предвосхищая действия государей XVIII в., «восхоте у митрополита и у всех владык и у всех монастырей села поимати», а на свое содержание они должны были получать средства из великокняжеской казны. Это были бы механизмы выживания социума с ограниченным прибавочным продуктом. Хотя целью царя и его советников было при этом не только приобретение новых земель для поместных раздач, но и подчинение церкви светской власти, от которой церковные учреждения оказались бы в полной зависимости. Таким путем, по-видимому, хотели найти также решение конфликтных ситуаций, возникших в отношениях между государством и церковью в последние десятилетия XV в.
В борьбе за объединение русских земель великокняжеская власть и церковь действовали совместно (митрополит Филипп всем своим авторитетом поддерживал действия Ивана III, направленные против Новгорода), но, когда процесс объединения был в основном завершен, в отношениях высшей светской и церковной власти наметились перемены.
В 1478 г. великий князь нашел ошибочным практиковавшееся издревле высшим духовенством Московской митрополии хождение «посолонь» (т. е. в соответствии с движением солнца) при освящении церквей и запретил освящать таким образом построенные им храмы. Вмешательство великого князя в вопросы, традиционно относившиеся исключительно к компетенции духовной иерархии, показывало, что он желал бы быть в церкви таким же полным хозяином, как и в светской части общества.
О желании Ивана III решать самостоятельно вопросы церковной жизни, не считаясь с мнением митрополита и епископов, говорит его покровительство новгородским еретикам — так называемым жидовствующим. О самой этой ереси, как особом явлении духовной жизни русского общества, речь пойдет в разделе о русской культуре этого времени, здесь же важно отметить, что Иван III не только пригласил главных еретиков — Алексея и Дениса в Москву, но и поставил их во главе клира кремлевских соборов — Успенского и Архангельского, что было сделано, конечно, вопреки желанию митрополита и епископов. Великий князь со «многими своими бояры и диаки» стал активно участвовать в работе созывавшихся на рубеже XV–XVI вв. церковных соборов.
Попытки Ивана III поставить церковь в полную и всестороннюю зависимость от светской власти натолкнулись на сопротивление духовенства, сплотившегося перед лицом опасности. В итоге он был вынужден отказаться и от покровительства еретикам, которых в 1504 г. сожгли по решению церковного собора, и от своих планов относительно церковной собственности. Обе стороны, однако, объективно нуждались друг в друге. Церковь хотела опираться на поддержку могущественной светской власти перед лицом экспансии католицизма и ислама, обретшего новую силу с превращением Османской империи в одну из главных мировых держав. Правители нуждались в поддержке со стороны церкви своей политики укрепления государственной власти.
Определенный modus vivendi был достигнут, хотя и не сразу, в годы правления преемника Ивана III — Василия III. Светская власть взяла на себя негласные обязательства блюсти чистоту веры и преследовать еретиков, использовать свои внешнеполитические действия для упрочения и расширения позиции православия в Восточной Европе, отказаться от посягательств на церковную собственность, а церковь проявила готовность оказывать всемерную поддержку укреплению власти тех правителей, которые придерживались таких норм отношений с церковью.
Политика тесного сотрудничества государства и церкви в первой половине XVI в. получила наиболее яркое выражение в деятельности митрополита Даниила, занимавшего митрополичью кафедру в 1522–1539 гг. Добившись осуждения духовных лиц, несогласных с позицией высшей церковной иерархии, в решении политических вопросов он был готов идти в достаточной мере навстречу желаниям великого князя (он насильственно постриг в монахини неугодную Василию III жену, дал грамоту, гарантировавшую безопасность одному из лиц, с точки зрения великого князя опасных, и не протестовал против ее нарушения, отказывался ходатайствовать за «опальных»). Епископами и настоятелями становились люди, угодные великому князю. Избранный митрополичьей кафедрой курс на тесное сотрудничество государства и церкви получил отражение не только в политической деятельности митрополита, но и в Никоновской летописи — обширном летописном своде, составленном в 20-х гг. XVI в. в митрополичьей канцелярии.