Развитию внутреннего торгового оборота и укреплению торговых связей препятствовала сохранявшаяся с периода феодальной раздробленности система таможенных пошлин. Их архаичное многообразие, характерное для периода вялой торговли, и неравномерность взимания препятствовали движению товаров на внутреннем рынке. В 1653 г. в ответ на челобитную торговых людей разных городов во главе с именитым человеком Д. И. Строгановым был принят Таможенный устав. По нему все мелкие таможенные сборы, взимаемые с отъезжих торгов, с телег и саней, с судов, при взвешивании товаров и записи их в книги и многих других операциях (отвоз, мытовое, полозовое, посаженное и др.), отменялись и вводилась единая, так называемая рублевая пошлина по 10 денег с рубля, т. е. 5 % (1 коп. = 2 деньгам) с цены продаваемого товара. Кроме нее сохранялись перекупная и конская («с пятна») пошлины, а из проезжих пошлин — сборы мостовщины и перевоза. Потери казны от отмены множества мелких сборов компенсировались за счет общего усиления торгового оборота. В Уставе имелись и отдельные элементы покровительственного отношения к отечественным купцам и внутренней торговле, так как иностранные купцы вместо 5 % платили 6 %, а при торговле внутри страны с них взималась дополнительная проезжая пошлина в 2 %.
Таможенный устав 1653 г. в основном затронул вопросы пошлинного обложения внутренней торговли, оставив в стороне многообразную сферу торговли иностранных купцов и их контактов с российскими торговыми людьми. Эти вопросы были подробно разработаны в Новоторговом уставе 1667 г. На его появление непосредственное влияние оказали челобитные торговых людей, а составителем был А. Л. Ордин-Нащокин, один из наиболее выдающихся государственных деятелей времен Алексея Михайловича. Он являл собой редчайший пример достижения городовым дворянином боярского чина. Особую славу и успех Афанасий Лаврентьевич снискал на дипломатическом поприще. Будучи до назначения главой Посольского приказа псковским воеводой, он с середины 60-х гг. пытался провести во Пскове ряд преобразований, способствовавших укреплению позиций псковских торговцев и освобождению их из-под гнета приказной администрации, равно как и из-под диктата иностранных купцов.
Вводя Новоторговый устав, правительство стремилось достичь двух целей: усилить приток драгоценных металлов в страну и путем затруднения иностранной торговли внутри страны облегчить положение русских купцов в их конкурентной борьбе с иностранцами. Первая из этих целей была вполне в духе идей меркантилизма — экономической теории, признававшей деньги, выраженные в драгоценном металле, главным богатством и мерилом процветания государства, а главным рычагом привлечения денежного капитала — внешнюю торговлю. Вторая цель была проявлением протекционизма по отношению к национальному торговому капиталу. Приток драгоценных металлов достигался тем, что таможенные пошлины с зарубежных купцов брались только иностранной монетой — золотыми и ефимками — серебряными талерами (иоахимсталерами — от названия города Иоахимсталь в Богемии). При этом на русские деньги золотой приравнивался к рублю, а ефимок — к полтине, т. е. 50 коп. Из одного ефимка в дальнейшем чеканилось русской серебряной монеты (достоинством в копейку, деньгу и полушку) на 64 коп., т. е. доход казны от перечеканки составлял 28 %.
Защита отечественных торговцев от натиска иностранных конкурентов обеспечивалась резким повышением таможенных пошлин с иноземцев. Те из них, кто получал разрешение на провоз товаров во внутренние города, обязан был заплатить 10-процентную проезжую пошлину (в 5 раз больше по сравнению с Таможенным уставом 1653 г.!). При продаже товаров на месте (и только оптом) взималось еще 6 % с цены, что в совокупности существенно снижало ожидаемую прибыль при торговле внутри страны и побуждало иноземцев ограничиваться портовым торгом. Русские купцы проезжих пошлин не платили, а при продаже с них в зависимости от рода товара взималось 4–5 %. В итоге они выигрывали на разнице пограничных и внутренних цен, оптовых и розничных. На некоторые иностранные товары были введены, по существу, запретительные ставки таможенных пошлин. Например, ввозные пошлины на вино достигали 50—100 % их стоимости, продажные равнялись 15 %. При вывозе за границу русских товаров иноземцы платили вывозную 13-процентную пошлину.
Во второй половине XVII в. вполне отчетливо проявилось стремление крупного российского купечества к установлению своей монополии в посреднической торговле с иностранцами и оттеснении от прямых контактов с ними мелких торговцев. Достижение этой цели позволило бы верхушке купечества, возвысив цены на экспортные товары, получать большую прибыль. В 1667 г. крупные купцы, торговавшие на Архангелогородской ярмарке, предприняли попытку создать компанию, объединявшую торги и действия купцов разных рангов. Однако эта затея не удалась, так как «молотшие люди» самостоятельно распродали свои товары по более низкой цене.